RNAs não codificantes derivados de sequências de inserção na arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1

• Processo: 17/03052-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2017
• Data de Término da vigência: 07 de março de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Tie Koide
• Beneficiário: Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 19/13440-5 - Detecção de transposases codificadas por Sequências de Inserção usando dados de proteômica, BE.EP.DR
• Assunto(s): Archaea
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Archaea | Regulação pós-transcricional | RNAs não codificantes | Sequências de inserção | Microbiologia, Bioinformática

Resumo

Sequências de inserção (IS) são elementos genéticos móveis amplamente distribuídos nos procariontes e que causam grande impacto no genoma que as abrigam. Dependendo da situação, o impacto desses elementos pode ser benéfico ao hospedeiro, promovendo a diversidade genética e a modulação da expressão gênica. Por outro lado, são comuns eventos de mobilização que causam prejuízo, como por exemplo em casos onde a inserção de IS em genes essenciais compromete a viabilidade do organismo. Diversos mecanismos de regulação se encarregam de manter baixos os níveis de transposição, evitando efeitos deletérios. Em bactérias, um dos mecanismos que regulam a taxa de transposição de elementos da família IS200/IS605 atua em nível pós-transcricional, impedindo a tradução de RNAs mensageiros (mRNAs) codificadores de transposases por meio do acoplamento à proteína Hfq e/ou RNAs antisenso (asRNAs). Em arqueias, a proteína LSm, homóloga da Hfq, parece desempenhar função similar, entretanto, a literatura mostra que o conhecimento destes fenômenos ainda é bastante inferior no terceiro domínio da vida em relação ao conhecido para bactérias. Nosso grupo de pesquisa tem estudado diversos aspectos dos RNAs não codificantes (ncRNAs) da arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1, inclusive no contexto das IS. Analisamos experimentos piloto de sequenciamento de RNAs coimunoprecipitados com LSm em H. salinarum NRC-1 e resultados preliminares indicam que aproximadamente 85% das IS intactas produzem RNAs que apresentam interação com essa proteína. O projeto de doutorado aqui proposto tem como objetivo identificar ncRNAs sense ou antisense derivados de IS, caracterizar sua interação com LSm, identificar possíveis alvos de regulação e por fim elucidar, tanto experimentalmente quanto in silico, sua estrutura secundária em H. salinarum NRC-1. A prevalência, conservação e especificidade da interação entre esses ncRNAs e LSm/Hfq em procariontes será analisada, contribuindo para a compreensão da regulação da transposição em nível pós-transcricional. (AU)

Publicações científicas

(11)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

PEREIRA DE ALMEIDA, JOAO PAULO; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN P. R.; TEN-CATEN, FELIPE; GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; KOIDE, TIE. The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1. GENES, v. 10, n. 4, APR 2019. (15/12012-9, 15/21038-1, 13/21522-5, 17/03052-2, 11/14455-4)

SILVA, LARISSA G.; LORENZETTI, ALAN P. R.; RIBEIRO, RODOLFO A.; ALVES, INGRID R.; LEADEN, LAURA; GALHARDO, RODRIGO S.; KOIDE, TIE; MARQUES, MARILIS V.. OxyR and the hydrogen peroxide stress response in Caulobacter crescentus. Gene, v. 700, p. 70-84, JUN 5 2019. (15/07386-7, 16/06378-3, 15/21038-1, 14/04046-8, 17/03052-2)

LEADEN, LAURA; SILVA, LARISSA G.; RIBEIRO, RODOLFO A.; DOS SANTOS, NAARA M.; LORENZETTI, ALAN P. R.; ALEGRIA, THIAGO G. P.; SCHULZ, MARIANE L.; MEDEIROS, MARISA H. G.; KOIDE, TIE; MARQUES, V, MARILIS. Iron Deficiency Generates Oxidative Stress and Activation of the SOS Response in Caulobacter crescentus. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 9, AUG 28 2018. (14/04046-8, 16/06378-3, 15/07386-7, 17/02127-9, 15/21038-1, 17/03052-2)

LIMA, LIDIA DOS PASSOS; PEREIRA, JULIANA BIAR; FASABI FLORES, ANTHONY JHOAO; RODRIGUES LORENZETTI, ALAN PERICLES; BOECHAT, ANA LAURA; PEREDA, MARIA CLAUDIA; GUALTIERI, SOPHIA; DO PRADO, DANIELE FERREIRA; ROCHA, DIEGO; CESETI, LUCAS DE MORAES; et al. An Extracytoplasmic Function Sigma Factor Required for Full Virulence in Xanthomonas citri pv. citri. Journal of Bacteriology, v. 204, n. 5, p. 19-pg., 2022-04-21. (18/01852-4, 17/03052-2, 04/10916-3, 19/03406-4, 17/02318-9)

DE ARAUJO, HUGO L.; MARTINS, BIANCA P.; VICENTE, ALEXANDRE M.; LORENZETTI, ALAN P. R.; KOIDE, TIE; MARQUES, V, MARILIS. Cold Regulation of Genes Encoding Ion Transport Systems in the Oligotrophic Bacterium Caulobacter crescentus. MICROBIOLOGY SPECTRUM, v. 9, n. 1, SEP 2021. (19/08514-0, 18/17309-8, 19/13440-5, 14/13552-4, 17/03052-2)

LORENZETTI, ALAN P. R.; KUSEBAUCH, ULRIKE; ZARAMELA, LIVIA S.; WU, WEI-JU; DE ALMEIDA, JOAO P. P.; TURKARSLAN, SERDAR; L. G. DE LOMANA, ADRIAN; GOMES-FILHO, JOSE V.; VENCIO, RICARDO Z. N.; MORITZ, ROBERT L.; et al. A Genome-Scale Atlas Reveals Complex Interplay of Transcription and Translation in an Archaeon. MSYSTEMS, v. 8, n. 2, p. 22-pg., 2023-03-13. (17/03052-2, 15/21038-1, 11/07487-7, 19/13440-5, 13/21522-5, 09/09532-0)

FERNANDES PEDRO, DANIEL LONGHI; RODRIGUES LORENZETTI, ALAN PERICLES; DOMINGUES, DOUGLAS SILVA; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI. PlaNC-TE: a comprehensive knowledgebase non-coding RNAs and transposable elements in plants. DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION, v. N/A, p. 7-pg., 2018-09-13. (17/03052-2)

FERNANDES PEDRO, DANIEL LONGHI; RODRIGUES LORENZETTI, ALAN PERICLES; DOMINGUES, DOUGLAS SILVA; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI. PlaNC-TE: a comprehensive knowledgebase non-coding RNAs and transposable elements in plants. DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION, SEP 13 2018. (17/03052-2)

IBRAHIM, AMR GALAL ABD EL-RAHEEM; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN P. R.; KOIDE, TIE. Halobacterium salinarum and Haloferax volcanii Comparative Transcriptomics Reveals Conserved Transcriptional Processing Sites. GENES, v. 12, n. 7, JUL 2021. (15/21038-1, 17/03052-2)

TEN-CATEN, FELIPE; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN PERICLES R.; ZARAMELA, LIVIA SOARES; SANTANA, ANA CAROLINA; KOIDE, TIE. Internal RNAs overlapping coding sequences can drive the production of alternative proteins in archaea. RNA BIOLOGY, v. 15, n. 8, p. 1119-1132, 2018. (11/14455-4, 15/21038-1, 17/03052-2, 11/07487-7, 15/12012-9)

DE LOMANA, ADRIAN LOPEZ GARCIA; KUSEBAUCH, ULRIKE; RAMAN, ARJUN, V; PAN, MIN; TURKARSLAN, SERDAR; LORENZETTI, ALAN P. R.; MORITZ, ROBERT L.; BALIGA, NITIN S.. Selective Translation of Low Abundance and Upregulated Transcripts in Halobacterium salinarum. MSYSTEMS, v. 5, n. 4, p. 18-pg., 2020-07-01. (17/03052-2, 19/13440-5)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

LORENZETTI, Alan Péricles Rodrigues. Investigação sistêmica da regulação de transcritos codificadores de transposases pela chaperona SmAP1 em Halobacterium salinarum. 2021. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) Ribeirão Preto.