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RNAs não codificantes derivados de sequências de inserção na arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1

Processo: 17/03052-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de junho de 2017
Situação:Interrompido
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Tie Koide
Beneficiário:Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):19/13440-5 - Detecção de transposases codificadas por sequências de inserção usando dados de proteômica, BE.EP.DR
Assunto(s):Archaea

Resumo

Sequências de inserção (IS) são elementos genéticos móveis amplamente distribuídos nos procariontes e que causam grande impacto no genoma que as abrigam. Dependendo da situação, o impacto desses elementos pode ser benéfico ao hospedeiro, promovendo a diversidade genética e a modulação da expressão gênica. Por outro lado, são comuns eventos de mobilização que causam prejuízo, como por exemplo em casos onde a inserção de IS em genes essenciais compromete a viabilidade do organismo. Diversos mecanismos de regulação se encarregam de manter baixos os níveis de transposição, evitando efeitos deletérios. Em bactérias, um dos mecanismos que regulam a taxa de transposição de elementos da família IS200/IS605 atua em nível pós-transcricional, impedindo a tradução de RNAs mensageiros (mRNAs) codificadores de transposases por meio do acoplamento à proteína Hfq e/ou RNAs antisenso (asRNAs). Em arqueias, a proteína LSm, homóloga da Hfq, parece desempenhar função similar, entretanto, a literatura mostra que o conhecimento destes fenômenos ainda é bastante inferior no terceiro domínio da vida em relação ao conhecido para bactérias. Nosso grupo de pesquisa tem estudado diversos aspectos dos RNAs não codificantes (ncRNAs) da arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1, inclusive no contexto das IS. Analisamos experimentos piloto de sequenciamento de RNAs coimunoprecipitados com LSm em H. salinarum NRC-1 e resultados preliminares indicam que aproximadamente 85% das IS intactas produzem RNAs que apresentam interação com essa proteína. O projeto de doutorado aqui proposto tem como objetivo identificar ncRNAs sense ou antisense derivados de IS, caracterizar sua interação com LSm, identificar possíveis alvos de regulação e por fim elucidar, tanto experimentalmente quanto in silico, sua estrutura secundária em H. salinarum NRC-1. A prevalência, conservação e especificidade da interação entre esses ncRNAs e LSm/Hfq em procariontes será analisada, contribuindo para a compreensão da regulação da transposição em nível pós-transcricional. (AU)

Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SILVA, LARISSA G.; LORENZETTI, ALAN P. R.; RIBEIRO, RODOLFO A.; ALVES, INGRID R.; LEADEN, LAURA; GALHARDO, RODRIGO S.; KOIDE, TIE; MARQUES, MARILIS V. OxyR and the hydrogen peroxide stress response in Caulobacter crescentus. Gene, v. 700, p. 70-84, JUN 5 2019. Citações Web of Science: 0.
PEREIRA DE ALMEIDA, JOAO PAULO; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN P. R.; TEN-CATEN, FELIPE; GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; KOIDE, TIE. The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1. GENES, v. 10, n. 4 APR 2019. Citações Web of Science: 0.
FERNANDES PEDRO, DANIEL LONGHI; RODRIGUES LORENZETTI, ALAN PERICLES; DOMINGUES, DOUGLAS SILVA; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI. PlaNC-TE: a comprehensive knowledgebase non-coding RNAs and transposable elements in plants. DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION, SEP 13 2018. Citações Web of Science: 1.
LEADEN, LAURA; SILVA, LARISSA G.; RIBEIRO, RODOLFO A.; DOS SANTOS, NAARA M.; LORENZETTI, ALAN P. R.; ALEGRIA, THIAGO G. P.; SCHULZ, MARIANE L.; MEDEIROS, MARISA H. G.; KOIDE, TIE; MARQUES, V, MARILIS. Iron Deficiency Generates Oxidative Stress and Activation of the SOS Response in Caulobacter crescentus. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 9, AUG 28 2018. Citações Web of Science: 5.
TEN-CATEN, FELIPE; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN PERICLES R.; ZARAMELA, LIVIA SOARES; SANTANA, ANA CAROLINA; KOIDE, TIE. Internal RNAs overlapping coding sequences can drive the production of alternative proteins in archaea. RNA BIOLOGY, v. 15, n. 8, p. 1119-1132, 2018. Citações Web of Science: 4.

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