Detecção de transposases codificadas por Sequências de Inserção usando dados de proteômica

• Processo: 19/13440-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Vigência (Início): 18 de outubro de 2019
• Vigência (Término): 17 de outubro de 2020
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Tie Koide
• Beneficiário: Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti
• Supervisor: Nitin Surendranatha Baliga
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Local de pesquisa: Institute for Systems Biology, Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 17/03052-2 - RNAs não codificantes derivados de sequências de inserção na arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1, BP.DR
• Assunto(s): Transposases Biologia computacional Halobacterium salinarum Proteômica Archaea
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Archaea | bioinformática | Halobacterium salinarum | proteômica | Sequências de inserção | Transposases | Microbiologia, Bioinformática

Resumo

Nosso projeto principal tem como objetivo a identificação dos componentes da regulação de sequências de inserção em Halobacterium salinarum, principalmente aqueles que agem no nível pós-transcricional. Identificamos diversos RNAs codificadores de transposase que se acoplam à proteína LSm, a qual pode reprimir ou induzir a tradução de transcritos. Quantificamos a mobilização de sequências de inserção após remover a proteína LSm do sistema e notamos diferenças quando comparamos o mutante nulo à linhagem controle. Este experimento revelou sequências de inserção ativas que podem ser exploradas em maior profundidade, porém atualmente possuímos apenas dados de genômica e transcriptômica. Neste projeto, propomos a integração de dados de proteômica aos nossos achados para melhor caracterizar o mobiloma de H. salinarum. Pretendemos checar quais sequências de inserção produzem proteínas e correlacionar a sua quantidade com os elementos ativos identificados. Além disso, esperamos analisar dados de H. salinarum cultivada em diversas condições para checar se a expressão de transposases é responsiva às variações ambientais. Durante a execução deste projeto, esperamos obter ganhos não só para o projeto principal, mas também para o desenvolvimento profissional do estudante.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DE ARAUJO, HUGO L.; MARTINS, BIANCA P.; VICENTE, ALEXANDRE M.; LORENZETTI, ALAN P. R.; KOIDE, TIE; MARQUES, V, MARILIS. Cold Regulation of Genes Encoding Ion Transport Systems in the Oligotrophic Bacterium Caulobacter crescentus. MICROBIOLOGY SPECTRUM, v. 9, n. 1, SEP 2021. (19/08514-0, 18/17309-8, 19/13440-5, 14/13552-4, 17/03052-2)