Genômica Populacional Humana: uma perspectiva a partir de populações miscigenadas

• Processo: 21/14851-9
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2023
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2028
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Diogo Meyer
• Beneficiário: Diogo Meyer
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores principais: Erick da Cruz Castelli
• Pesquisadores associados: Camila Ferreira Bannwart Castro ; Carla Luana Dinardo ; Celso Teixeira Mendes Junior ; Cibele Masotti ; Kelly Nunes ; Michel Satya Naslavsky ; PAULA FRAIMAN BLATYTA CASELLI ; Regina Célia Mingroni Netto
• Bolsa(s) vinculada(s): 25/11787-9 - Geração de dados em nível molecular nos loci do MHC usando abordagens bioinformáticas inovadoras: genômica e transcriptômica, BP.PD; 25/00828-6 - Diferenciação populacional sob seleção forte: um estudo de caso com os loci HLA, BP.DD; 24/05419-4 - Desacoplamento entre doença falciforme e ancestralidade africana no Brasil, BP.IC
• Assunto(s): Genômica Imunogenética Genética populacional População do Brasil Miscigenação
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: genes HLA | Genética de populações | Genômica | Imunogenética | Populacoes Brasileiras | Genética de Populações

Resumo

A miscigenação entre populações produz genomas que são um mosaico de diferentes ancestralidades, podendo originar novas combinações genotípicas e afetar a diversidade genética. Essa diversidade é um substrato para a evolução adaptativa e pode modular fenótipos, inclusive de doenças. Dessa forma, compreender o impacto genético da miscigenação em populações humanas é de interesse evolutivo e biomédico. Neste projeto, investigaremos as consequências da miscigenação enfatizando dois aspectos: o papel da mistura em populações brasileiras e seu impacto em duas regiões genômicas envolvidas na imunidade: o Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) e o Complexo de Receptores de Leucócitos (LRC). Nossa pesquisa se estrutura em três temas principais. Primeiro, desenvolveremos ferramentas bioinformáticas capazes de resolver problemas que tipicamente afetam a análise de genes do MHC e LRC, que são consequência da extensa paralogia e alto polimorfismo desses genes. Aplicando nossas ferramentas, faremos um levantamento preciso da variação genética nesses genes em brasileiros e outras populações miscigenadas, discutindo os efeitos da variação para a função dos genes e para transplantes. Segundo, usaremos os dados recém-gerados para investigar como a seleção natural moldou as diferenças entre as populações no MHC e LRC e como a mistura recente contribui para a diversidade desses genes. Terceiro, iremos estender nossa pesquisa das consequências evolutivas da miscigenação além dos genes do MHC e LRC, investigando como a mistura contribui para a prevalência de alelos deletérios e causadores de doenças. Investigaremos especificamente como a miscigenação afeta a severidade da anemia falciforme, a doença mendeliana mais comum no Brasil, que tem se tornado cada vez mais presente em genomas com extensa ancestralidade não africana. Nossa pesquisa contribuirá para o entendimento de como a miscigenação está moldando a diversidade genômica dos brasileiros, um grupo ainda sub-representado em estudos genômicos, e destacará as consequências da miscigenação para os genes envolvidos na imunidade. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CIRIACO, VIVIANE APARECIDA DE OLIVEIRA; RODRIGUES, AMANDA MUNIZ; TIBURCIO, BRENDA CAROLINE DA SILVA; SILVA, JOYCE MACHADO; NALAVSKY, MICHEL SATYA; MENDES-JUNIOR, CELSO TEIXEIRA; CASTRO, CAMILA FERREIRA BANNWART; CASTELLI, ERICK C.. The MICA deletion across different populations. HUMAN IMMUNOLOGY, v. 85, n. 6, p. 9-pg., 2024-11-20. (21/14851-9, 21/13672-3)

CASTELLI, ERICK C.; PEREIRA, RAPHAELA NETO; PAES, GABRIELA SATO; ANDRADE, HELOISA S.; FERREIRA, MARCEL RODRIGUES; SANTOS, ICARO SCALISSE DE FREITAS; VINCE, NICOLAS; POLLOCK, NICHOLAS R.; NORMAN, PAUL J.; MEYER, DIOGO. kir-mapper: A Toolkit for Killer-Cell Immunoglobulin-Like Receptor (KIR) Genotyping From Short-Read Second-Generation Sequencing Data. HLA, v. 105, n. 3, p. 14-pg., 2025-03-01. (21/14851-9)

SILVA, NAYANE S. B.; BOURGUIBA-HACHEMI, SONIA; CIRIACO, VIVIANE A. O.; KNORST, STEFAN H. Y.; CARMO, RAMON T.; MASOTTI, CIBELE; MEYER, DIOGO; NASLAVSKY, MICHEL S.; DUARTE, YEDA A. O.; ZATZ, MAYANA; et al. A multi-ethnic reference panel to impute HLA classical and non-classical class I alleles in admixed samples: Testing imputation accuracy in an admixed sample from Brazil. HLA, v. 103, n. 6, p. 12-pg., 2024-06-01. (21/02815-8, 21/14851-9)