EMU: aquisição de analisador genético de DNA para o sequenciamento automático de DNA

• Processo: 09/53946-3
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2010
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2012
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: João Renato Rebello Pinho
• Beneficiário: João Renato Rebello Pinho
• Instituição Sede: Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (IMT). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Análise de sequência de DNA Ácidos nucleicos DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Acidos Nucleicos | Dna | Dna Genomico | Sequenciador | Sequenciamento Automatico | Sequenciamento De Dna
• Publicação FAPESP: https://media.fapesp.br/bv/uploads/publicacoes/emu_saude_57.pdf
• Página web do EMU: Página do Equipamento Multiusuário não informada
• Tipo de equipamento: Tipo de Equipamento Multiusuário não informado
• Fabricante: Fabricante não informado
• Modelo: Modelo não informado

Resumo

A disponibilidade de um analisador genético de DNA, para o sequenciamento de DNA, de última geração, para ser utilizado por diversos laboratórios da Faculdade de Medicina e Instituto Tropical de Medicina da Universidade de São Paulo, é muito importante, pois não se dispõe de um aparelho com tais características nestas instituições. O aparelho que está sendo solicitado neste projeto irá substituir sequenciadores ASI377, que produzem sequências de boa qualidade, mas cuja assistência técnica será interrompida em breve, além de que necessitam de cuidados operacionais muito maiores. Outra vantagem dos novos sequenciadores é o novo software utilizado para a interpretação de sequências: enquanto os sequenciadores de DNA ASI 377 e ASI 3100 utilizam o software ASI basecaller, o modelo ASI 3500 utiliza o software KS basecaller. O software KS basecaller permite a identificação de bases mistas, o que tem que ser realizado manualmente com o software ASI basecaller. Além disso, essa nova versão do software já possui um método próprio de avaliação da qualidade das sequências, podendo dispensar que outros softwares como Phred e Phrap tenham que ser utilizados para este fim, com a vantagem de que o novo software já avalia o valor de qualidade de sequências com bases mistas. Sequências com bases mistas são encontradas em organismos eucariotos apenas em caso de heterozigose, mas sequências com bases mistas são encontradas com muito maior frequência em sequenciamento de populações virais, como vírus que se replicam através de enzimas sem atividade revisora, como é o caso dos vírus que se replicam com DNA-polimerase-RNA-dependente (Transcriptase Reversa) ou RNA-polimerase-RNA dependente. Desta forma, a solicitação deste aparelho virá a suprir as necessidades dos laboratórios que trabalham com vírus e será também utilizado para o sequenciamento de ácidos nucleicos genômicos e para estudo de polimorfismos de microssatélites (STRs), muito importantes para a análise do hospedeiro humano. Este aparelho será operado por uma equipe com grande experiência em sequenciamento de ácidos nucleicos virais e será de grande utilidade para que os grupos envolvidos possam realizar seus trabalhos de forma mais ágil. (AU)

Publicações científicas

(9)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

FLORENCIO CHACHA, SILVANA GAMA; SOARES GOMES-GOUVEA, MICHELE; MALTA, FERNANDA DE MELLO; FERREIRA, SANDRO DA COSTA; VILLANOVA, MRCIA GUIMARAES; SOUZA, FERNANDA FERNANDES; TEIXEIRA, ANDREZA CORREA; DA COSTA PASSOS, AFONSO DINIS; REBELLO PINHO, JOAO RENATO; CANDOLO MARTINELLI, ANA DE LOURDES. Basal core promoter and precore mutations among hepatitis B virus circulating in Brazil and its association with severe forms of hepatic diseases. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 112, n. 9, p. 626-631, SEP 2017. (08/11472-2, 09/53946-3)

SOUZA DE SOUZA, ALEX JUNIOR; GOMES-GOUVEA, MICHELE SOARES; PEREIRA SOARES, MANOEL DO CARMO; REBELLO PINHO, JOAO RENATO; MALHEIROS, ANDREZA PINHEIRO; CARNEIRO, LILIANE ALMEIDA; LOPES DOS SANTOS, DEBORA REGINA; ASSUNCAO PEREIRA, WASHINGTON LUIZ. HEV infection in swine from Eastern Brazilian Amazon: Evidence of co-infection by different subtypes. COMPARATIVE IMMUNOLOGY MICROBIOLOGY AND INFECTIOUS DISEASES, v. 35, n. 5, p. 477-485, SEP 2012. (09/53946-3, 10/50081-9)

CRUZ SANTOS, MAX DIEGO; GOMES-GOUVEA, MICHELE SOARES; COSTA NUNES, JOMAR DIOGO; FONSECA BARROS, LENA MARIA; CARRILHO, FLAIR JOSE; PAIVA FERREIRA, ADALGISA DE SOUSA; REBELLO PINHO, JOAO RENATO. The hepatitis delta genotype 8 in Northeast Brazil: The North Atlantic slave trade as the potential route for infection. VIRUS RESEARCH, v. 224, p. 6-11, SEP 15 2016. (09/53946-3)

FLORENCIO CHACHA, SILVANA GAMA; SOARES GOMES-GOUVEA, MICHELE; MALTA, FERNANDA DE MELLO; FERREIRA, SANDRO DA COSTA; VILLANOVA, MRCIA GUIMARAES; SOUZA, FERNANDA FERNANDES; TEIXEIRA, ANDREZA CORREA; DA COSTA PASSOS, AFONSO DINIS; REBELLO PINHO, JOAO RENATO; CANDOLO MARTINELLI, ANA DE LOURDES. Basal core promoter and precore mutations among hepatitis B virus circulating in Brazil and its association with severe forms of hepatic diseases. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 112, n. 9, p. 6-pg., 2017-09-01. (09/53946-3, 08/11472-2)

EVANGELISTA, ANDREIA SILVA; NAKHLE, MARIA CRISTINA; DE ARAUJO, THIAGO FERREIRA; ABRANTES-LEMOS, CLARICE PIRES; DEGUTI, MARTA MITIKO; CARRILHO, FLAIR JOSE; RACHID CANCADO, EDUARDO LUIZ. HFE Genotyping in Patients with Elevated Serum Iron Indices and Liver Diseases. BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL, v. 2015, p. 8-pg., 2015-01-01. (09/53946-3)

ALBUQUERQUE, INGRID DE CAMPOS; SOUSA, MARINILDE TELES; CRUZ SANTOS, MAX DIEGO; COSTA NUNES, JOMAR DIOGO; DINIZ MORAES, MARIA JOSELIA; GOMES-GOUVEA, MICHELE SOARES; REBELO PINHO, JOAO RENATO; CARRILHO, FLAIR JOSE; BARROS FONSECA, LENA MARIA; PAIVA FERREIRA, ADALGISA DE SOUSA. Mutation in the S Gene a Determinant of the Hepatitis B Virus Associated With Concomitant HBsAg and Anti-HBs in a Population in Northeastern Brazil. Journal of Medical Virology, v. 89, n. 3, p. 458-462, MAR 2017. (09/53946-3)

CRUZ-SANTOS, MAX D.; GOMES-GOUVEA, MICHELE S.; COSTA-NUNES, JOMAR D.; MALTA-ROMANO, CAMILA; TELES-SOUSA, MARINILDE; FONSECA-BARROS, LENA M.; CARRILHO, FLAIR J.; PAIVA-FERREIRA, ADALGISA DE S.; REBELLO-PINHO, JOAO R.. High Prevalence of Hepatitis B Subgenotype D4 in Northeast Brazil: an Ancient Relic from African Continent?. ANNALS OF HEPATOLOGY, v. 17, n. 1, p. 54-63, JAN-FEB 2018. (09/53946-3)

EVANGELISTA, ANDREIA SILVA; NAKHLE, MARIA CRISTINA; DE ARAUJO, THIAGO FERREIRA; ABRANTES-LEMOS, CLARICE PIRES; DEGUTI, MARTA MITIKO; CARRILHO, FLAIR JOSE; RACHID CANCADO, EDUARDO LUIZ. HFE Genotyping in Patients with Elevated Serum Iron Indices and Liver Diseases. BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL, 2015. (09/53946-3)

GODOY, BIBIANE A.; GOMES-GOUVEA, MICHELE S.; ZAGONEL-OLIVEIRA, MARCELO; ALVARADO-MORA, MONICA V.; SALZANO, FRANCISCO M.; PINHO, JOAO R. R.; FAGUNDES, NELSON J. R.. High prevalence of HBV/A1 subgenotype in native south Americans may be explained by recent economic developments in the Amazon. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 43, p. 354-363, SEP 2016. (09/53946-3)