BF integrase genes of HIV-1 circulating in São Paulo, Brazil, with a recurrent recombination region

• Processo: 12/07799-1
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2012
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2012
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia
• Pesquisador responsável: Paolo Marinho de Andrade Zanotto
• Beneficiário: Paolo Marinho de Andrade Zanotto
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Epidemias Virologia Evolução HIV Integrase de HIV Códon Alelos DNA recombinante Publicações de divulgação científica Artigo científico
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Hiv | Integrase | recombinantes | Virologia-Evolução

Resumo

Embora alguns estudos tenham mostrando a diversidade no gene da integrase do HIV (IN), nenhum deles concentrou-se particularmente na evolução do gene em epidemias no contexto da recombinação. O gene IN de 157 pacientes com HIV-1 tratados com inibidor de integrase do estado de São Paulo, no Brasil, foram sequenciados: 128 do subtipo B (23 dos quais foram encontrados em genomas não B), 17 de subtipo F (8 dos quais foram encontrados nos genomas recombinantes), 11 integrases eram recombinantes BF e 1 do subtipo C. Decisivamente, descobrimos que 4 vírus recombinante BF compartilhavam uma região de interrupção recorrente de recombinação entre as posições 4900 e 4924(em relação ao HXB2) que inclui 2 loops gRNA, onde a RT pode recombinar. Uma vez que estes recombinantes tiveram origem filogenética independente, defendemos que estes resultados sugerem um hotspot de recombinação possível não observado até agora em BF CRF em particular, ou em qualquer outro HIV-1 CRF em geral. Além disso, 40% dos pacientes naive e 45% dos pacientes tratados tiveram pelo menos raltegravir (RAL) ou elvitegravir (EVG) associadas à resistência a mudança de aminoácidos, mas nenhuma mutação de resistência principal foi encontrada, em linha com outros estudos. Além disso, V151I foi a mutação de resistência mais comum e menor entre B, F e G. A maioria dos sitos dos códons da integrase tiveram maiores taxas de substituições sinônimas (dS) indicativo de uma seleção forte e negativa. No entanto, os sites de vários códons principalmente no subtipo B foram encontrados sob seleção positiva. Consequentemente, observamos maior diversidade genética nas partes B dos mosaicos, possivelmente devido à introdução mais recente do subtipo F no topo de uma epidemia em curso e uma rápida disseminação de alelos entre o subtipo F a população B. (AU)