SNP genotyping allows an in-depth characterisation of the genome of sugarcane and other complex autopolyploids

• Processo: 13/27145-9
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2014
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Anete Pereira de Souza
• Beneficiário: Anete Pereira de Souza
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/52197-4 - Genomic-assisted breeding of sugarcane: using molecular markers for understanding the genetic architecture of quantitative traits and to implement marker assisted selection, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Melhoramento genético vegetal Cana-de-açúcar SNP
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: autopolyploid | Snp | sugarcane | Melhoramento Vegetal

Resumo

Muitas espécies de plantas de grande valor econômico (por exemplo, batata, trigo, algodão e cana de açúcar) são poliplóides. Apesar das funções essenciais de plantas autopoliploides em atividades humanas, a nossa compreensão genética destas espécies ainda é muito pobre. O progresso enorme recente em instrumentação e manipulação bioquímica levou ao acúmulo de uma quantidade incrível de dados genômicos. Aqui, nós demonstramos pela primeira vez uma análise genética de sucesso em um genoma altamente poliploidia (cana de açúcar) por análise quantitativa de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) dosagem de alelos, e aplicação de um novo programa de análise de dados. Isto proporciona uma melhor compreensão da estrutura genômica autopoliploide e constitui uma base sólida para estudos genéticos. Os métodos propostos podem ser empregados para analisar qualquer autopoliploides e permitirá o futuro desenvolvimento de mapas genéticos de alta qualidade para auxiliar na montagem de sequências do genoma de referência para espécies poliplóides. (AU)