De novo assembly and transcriptome analysis of the rubber tree (Hevea brasiliensis) and SNP markers development for rubber biosynthesis pathways

• Processo: 14/12934-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2015
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Anete Pereira de Souza
• Beneficiário: Anete Pereira de Souza
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Estresse SNP Transcriptoma Melhoramento genético Seringueira
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: estresse | Melhoramento genético | Painel | seringueira | Snp | Transcriptoma | Genética Vegetal e Genômica

Resumo

Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr. Juss.) Muell.-Arg. é a principal fonte de borracha natural nativa da Floresta Amazônica. As propriedades singulares da borracha natural tornan-na superior e competitiva em relação à borracha sintética para uso em diversas aplicações. Neste trabalho, realizamos o sequenciamento do RNA (RNA-seq) do painel de H. brasiliensis por meio da plataforma Illumina GAIIx, o que gerou 179326804 sequências . Um total de 50.384 contíguos que tveram mais de 400 pb de tamanho foram obtidos e analisados. A pesquisa por similaridade de sequências no banco de dados de proteínas não redundante (nr) retornou 32.018 reads (63%) positivos. Na análise do transcriptoma foram anotados os clusters de grupos ortólogos (COG), ontologia gênica (GO), Kyoto Encyclopedia of Genes e Genomas (KEGG) e bancos de dados Pfam. Foi realizada uma busca de marcador molecular putativo para identificar repetições simples seqüência (SSRS) e polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs). No total, foram detectados 17.927 SSRs e 404.114 SNPs. Finalmente, foram selecionados sequências que foram identificadas como pertencendo às vias do mevalonato (MVA) e 2-C-metil-D-eritritol 4-fosfato (MEP), que estão envolvidas na biossíntese de borracha, para validar os marcadores SNP. Um total de 78 SNPs foram validados em 36 genótipos de H. brasiliensis. Este novo conjunto de dados representa uma poderosa fonte de informação para os genes de painel da seringueira e será uma ferramenta importante para o desenvolvimento de microssatélites e marcadores SNP para uso em análises genéticas futuras, como o mapeamento de ligação genética, e identificação de locos de características quantitativas, investigações de desequilíbrio de ligação e marcador para a realização de seleção assistida. (AU)