Genome-Wide Association Study for indicator traits of sexual precocity in Nellore cattle

• Processo: 16/19629-4
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Vigência: 01 de novembro de 2016 - 30 de abril de 2017
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Ana Fabrícia Braga Magalhães
• Beneficiário: Ana Fabrícia Braga Magalhães
• Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 09/16118-5 - Ferramentas genômicas no melhoramento genético de características de importância econômica direta em bovinos da raça Nelore, AP.TEM
• Assunto(s): Bos taurus indicus

Resumo

O objetivo deste estudo foi realizar um estudo de associação genômica (GWAS) para detectar regiões cromossômicas associadas com características indicadoras de precocidade sexual em bovinos da raça Nelore. Os dados que foram utilizados eram provenientes de animais pertencentes a fazendas que participam dos programas de melhoramento genético DeltaGen® e Paint®. As características utilizadas neste estudo foram a ocorrência de prenhez precoce (OPP) e perímetro escrotal (PE). Os dados de 72.675 fêmeas e 83.911 machos com fenótipos foram utilizados. Destes, 1.770 fêmeas e 1.680 machos foram genotipados. Os efeitos dos SNPs foram estimados pelo procedimento do single-step (WssGBLUP) e os fenótipos observados foram utilizados como variáveis dependentes. Todos os animais com genótipos e fenótipos disponíveis, além daqueles com apenas informação fenotípica, foram utilizados nas análises. Um modelo unicaracterística animal foi aplicado para predizer os valores genéticos e, as soluções dos efeitos dos SNPs, foram obtidas a partir destes valores genéticos. Os resultados do GWAS são relatados como a proporção da variância explicada pelas janelas com 150 SNPs adjacentes. Foram identificadas as 10 janelas que explicaram a maior proporção de variância. Os resultados deste estudo indicam a natureza poligênica da OPP e PE, demonstrando que as características indicadoras de precocidade sexual aqui estudados são, provavelmente, controladas por muitos genes, incluindo alguns de efeito moderado. As 10 janelas com grandes efeitos obtidos para OPP estão localizados nos cromossomos 5, 6, 7, 14, 18, 21 e 27, e juntas explicaram 7,91% da variância genética total. Para PE, essas janelas estão localizados nos cromossomos 4, 8, 11, 13, 14, 19, 22 e 23, explicando 6,78% da variância total. O GWAS permitiu identificar regiões cromossômicas associadas com OPP e PE. A identificação dessas regiões contribui para uma melhor compreensão e avaliação dessas características, e permite indicar genes candidatos para futura investigação de mutações causais. (AU)