Plataforma de microarranjo de DNA para detecção e vigilância de vírus transmitidos por pequenos mamíferos e artrópodes

• Processo: 16/18282-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2016
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2017
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Victor Hugo Aquino Quintana
• Beneficiário: Victor Hugo Aquino Quintana
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Virologia Vírus Vigilância epidemiológica Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos Técnicas e procedimentos diagnósticos Diagnóstico Publicações de divulgação científica Artigo científico
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: diagnóstico | Microarranjo de DNA | vigilância | Virus | Virologia

Resumo

Os vírus transmitidos por pequenos mamíferos e artrópodes representam uma ameaça pra humanos. A maioria dos agentes virais emergentes e re-emergentes são transmitidos por estes grupos, portanto é de grande interesse o desenvolvimento de métodos de amplo espectro para vigilância desses vírus. Neste estudo, descrevemos uma plataforma de DNA (SMAvirusChip) que pode ser utilizada para monitoramento de todos os vírus transmitidos por pequenos mamíferos e artrópodes com sequências nucleotídicas depositadas no GenBank. O SMAvirusChip foi desenhado com mais de 15000 sondas (60-nucleotídeos), incluindo sondas para vírus e controles. Duas versões do SMAvirusChip foram desenhadas: SMAvirusChip v1 contem 4209 sondas virais para a detecção de 409 vírus, enquanto que o SMAvirusChip v2 contem 4943 sondas para a detecção de 416 vírus. O SMAvirusChip foi avaliado com 20 vírus de laboratório. Este vírus foram especificamente detectados individualmente ou quando misturados artificialmente. A sensibilidade do SMAvirusChip foi avaliado usando diluções decimais seriadas do vírus da dengue (DENV). Os resultados mostraram que o limite de detecção foi de 2,6E3 copias de RNA/mL. Adicionalmente, a sensibilidade foi um log10 menor (2,6E2 copias de RNA/mL) que a RT-PCR em tempo real quantitativa e suficiente para detecção do genoma viral em amostras clínicas. A detecção de DENV em amostras de soro de pacientes infectados com DENV (n=6) e em sangue total artificialmente infectada com DENV confirma a aplicabilidade do SMAvirusChip para detecção de vírus em amostras clínicas. Adicionalmente, o DENV misturado artificialmente a um pool de mosquitos também foi detectado. O SMAvirusChip foi capaz de detectar especificamente vírus em cultura celular, amostras de soro, sangue total e pool de mosquitos, confirmando que RNA/DNA celular não interferem com o ensaio. Portanto, o SMAvirusChip pode representar um método inovativo para vigilância para rápida identificação de vírus transmitidos por pequenos mamíferos e artrópodes. (AU)