Ambiente de integração analítico envolvendo processos e bases de dados heterogêneos de genoma

• Processo: 00/10062-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2000
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2002
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Sistemas de Computação
• Pesquisador responsável: João Eduardo Ferreira
• Beneficiário: Marcio Katsumi Oikawa
• Instituição Sede: Instituto de Matemática e Estatística (IME). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Genomas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Genoma | Objeto De Dados Heterogeneas

Resumo

Um dos maiores problemas na área computacional de Genoma é a falta de padronização de processos e dados. Esta situação leva à criação de bases de dados física e logicamente heterogêneas, além de impossibilitar a avaliação da qualidade da informação. Existe hoje a necessidade clara de alternativas para integrar estas bases, representando um gargalo indesejado para a Bioquímica e um desafio para a Ciência da Computação. Este projeto propõe a elaboração de uma solução de integração de processos e bases de dados, utilizando transações aninhadas, para garantir a integridade da informação, e objeto integrador, responsável pela comunicação entre clientes, processos e gerenciadores de dados. Além disso, o trabalho propõe uma análise de desempenho do modelo relacional de dados para o tratamento de bancos de Genoma e a sugestão de arquiteturas não-convencionais que otimizam operações de busca e inserção em tais bases. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MARCIO KATSUMI OIKAWA; MARCOS EDUARDO BOLELLI BROINIZI; ALEXANDRE DERMARGOS; HUGO AGUIRRE ARMELIN; JOÃO EDUARDO FERREIRA. GenFlow: generic flow for integration, management and analysis of molecular biology data. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 27, n. 4, p. 691-695, 2004-00-00. (00/10062-3)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

OIKAWA, Marcio Katsumi. Integração para dados e aplicações em Biologia Molecular Computacional. 2003. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.