Estratégias de imputação de genótipos de marcadores SNPs para estudos de associação com animais da raça Nelore

• Processo: 10/20432-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2011
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2013
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Luiz Lehmann Coutinho
• Beneficiário: Fabiane de Lima Silva
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 12/03508-2 - Estratégias de imputação de genótipos de marcadores SNP para estudos de associação genética ampla e seleção genômica com animais da raça Nelore, BE.EP.DR
• Assunto(s): Técnicas de genotipagem Bovinos de corte Inferência bayesiana
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Gado De Corte | Genotipagem | Inferência Bayesiana | Métodos Quantitativos e Biologia Molecular

Resumo

Com a evolução das tecnologias de genotipagem em alta densidade com marcadores SNPs disponíveis para bovinos, observou-se um aumentou de pesquisas voltadas na área de seleção genômica e estudos de associação, entretanto, devido ao alto custo que a genotipagem em larga escala apresenta, em geral é inviável a genotipagem para todos os candidatos à seleção, porém existe a possibilidade de combinar painéis de baixa densidade de marcadores SNPs e inferir sobre os genótipos para painéis de alta densidade. Em virtude disso, o presente projeto tem por objetivo averiguar a eficiência de diferentes métodos de imputação de genótipos dos marcadores SNPs a partir de painéis de baixa densidade em animais da raça Nelore, e posteriormente utilizar estes genótipos imputados em estudos de associação genética. Serão utilizados aproximadamente 800 novilhos machos, produzidos em três estações de monta, nascidos em 2007, 2008 e 2009, descendentes de 32 touros PO registrados da raça Nelore, que compõem famílias de meio - irmãos produzidos através de inseminação artificial em tempo fixo. Os animais estão sendo criados na base física da Embrapa Pecuária Sudeste, localizada na cidade de São Carlos, na Embrapa Gado de Corte, situada no município de Campo Grande e em propriedades particulares dos estados de Mato Grosso do Sul e Mato Grosso do Sul. Os animais serão genotipados no Illumina BovineHD Genotyping BeadChip, no qual serão obtidos dados de aproximadamente 800 mil SNPs distribuídos homogeneamente ao longo do genoma. Para realizar a imputação será simulada uma situação em que a genotipagem de alguns animais foram realizados em painéis de baixa densidade. O estudo de associação será realizado entre os genótipos dos marcadores SNPs com característica de alta e baixa herdabilidade através de análise de regressão, usando o Software ASReml.

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

SILVA, Fabiane de Lima. Estratégias de imputação de genótipos de marcadores SNP para estudos de associação genômica em animais da raça Nelore. 2013. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC) Piracicaba.