Tratamento bioinformático em larga escala de sequências de cana de açúcar

• Processo: 12/14243-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2012
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2014
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Veronica Meyer Gaiarsa
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/52074-0 - Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Biologia computacional Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala Anotação de sequência molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: anotação | BAC de cana de açucar | montagem | publicação em paginas web | Sequenciamento em larga escala | biologia computacional

Resumo

As pesquisas com cana-de-açúcar podem se beneficiar das novas tecnologias de seqüenciamento em larga escala de DNA. Neste contexto, surgem desafios novos na área de Bioinformática: (1) processar centenas de milhões de sequências produzidas em uma única corrida do sequenciador Plataforma 454, (2) alinhar sequências de tamanho reduzido (menor do que 100 pares de bases - tamanho típico de leituras realizadas por sequenciadores de nova geração - problema tecnicamente difícil em Bioinformática), (3) anotar as sequências alinhadas e (4) disponibilizar de forma organizada toda a informação produzida. O bolsista estará envolvido com estes desafios, que estão relacionados com os objetivos do projeto temático no qual se insere esta proposta. (AU)