INTER-RELAÇÕES EVOLUTIVAS ENTRE ncRNAS E GENES ÓRFÃOS DE Arabidopsis thaliana E Saccharum officinarum

• Processo: 12/06539-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2012
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Renato Vicentini dos Santos
• Beneficiário: Lucas Eduardo Costa Canesin
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/58031-0 - Equilíbrio energético da cana-de-açúcar: uma abordagem de sistemas para compreender a regulação do metabolismo da sacarose e a sinalização de açúcar, AP.BIOEN.JP
• Assunto(s): Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: genes órfãos | ncRNA | redes de co-expressão | Bioinformática

Resumo

Estudos genômicos tem revelado em detalhes o funcionamento e controle da expressão gênica em diversos organismos, permitindo a manipulação cada vez mais precisa da informação genética, sobretudo na agricultura. A primeira planta a ter seu genoma completamente senquenciado foi a planta-modelo Arabidopsis thaliana, devido as características intrínsecas a sua biologia. Subsequentemente, inúmeras outras espécies vegetais começaram a ser sequenciadas, como a cana-de-açúcar (Saccharum officinarum), uma espécie de grande interesse ao desenvolvimento de biocombustíveis. Neste contexto, o estudo de ncRNA e genes taxon-específicos "órfãos" podem auxiliar na elucidação da regulação fina do genoma e assim possibilitar a manipulação mais precisa do mesmo. Portanto, a compreensão do surgimento e evolução destas classes de transcritos é imprescindível. Neste trabalho, serão indentificados e caracterizados conjuntos de ncRNA e genes órfaos de A. thaliana e cana-de-açúcar, através da comparação de dados de transcriptoma e genoma, no caso de Arabidopsis thaliana. Será feito então a comparação entre os conjuntos obtidos a fim de se compreender a criação de novo de genes órfãos a partir de ncRNA e sua integração nas redes celulares, através da análise de co-expressão destas classes. Para isso serão construídas redes coding-non-coding de co-expressão, a partir de dados de RNA-Seq, o que fornecerá informações fundamentais na dinâmica envolvida na atuação e evolução de ncRNA e genes órfãos.

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

CANESIN, Lucas Eduardo Costa. Identificação e caracterização de lncRNAs e genes codificadores linhagem-específicos em Andropogoneae: padrões comuns de evolução de genes emergentes = Identification and characterization lncRNAs and lineage specific coding genes in Andropogoneae : common patterns of evolution of emerging genes. 2014. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia Campinas, SP.