Estudos funcionais da chaperona de RNA Lsm em Halobacterium salinarum: construção de linhagem Knockout e avaliação fenotípica

• Processo: 13/05651-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2013
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Tie Koide
• Beneficiário: Victória Maruyama Spagni
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 09/09532-0 - Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica, AP.JP
• Assunto(s): RNA mensageiro Evolução fenotípica Análise funcional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: H salinarum | Lsm protein | Bioinformática / Biologia Sistêmica

Resumo

A função de muitos RNAs não-codificantes (ncRNAs) depende da interação com proteínas. Muitos ncRNAs atuam através do pareamento de bases com mRNAs alvos, estabilizando o transcrito ou promovendo o controle da tradução. Algumas dessas interações dependem de chaperonas de RNA, como a proteína Hfq em bactérias. Ela está envolvida em diversos processos celulares como o splicing de mRNA, maturação das histonas e degradação de mRNA (Fischer et al., 2010), sendo altamente conservada nos outros domínios da vida, onde é denominada Sm ou Lsm (Sm-like). No nosso grupo, iniciamos um projeto para a caracterização dos ncRNAs que interagem com a proteína Lsm na archaea Halobacterium salinarum, utilizando abordagens experimentais em escala genômica como RIP-seq (imunoprecipitação de RNAs seguida por identificação por sequenciamento em larga escala) (Zhao, et al. 2010). Para complementar a caracterização funcional da proteína Lsm em H. salinarum e sua influência nos ncRNAs, propõe-se neste projeto a construção da linhagem knockout para gene que codifica Lsm e a avaliação fenotípica da linhagem obtida. Assim, pretende-se identificar condições em que a chaperona de RNA Lsm é fisiologicamente importante, abrindo caminho para verificações experimentais de suas interações com ncRNAs.(AU)