Alinhamento múltiplo de sequências utilizando algoritmos genéticos com multithreading

• Processo: 13/08289-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2013
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação
• Pesquisador responsável: Carlos Roberto Valêncio
• Beneficiário: Anderson Rici Amorim
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Plataforma (computação) Algoritmos genéticos Recombinação genética Otimização
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Algoritmos Geneticos | Alinhamento múltiplo de seqüências | bioinformática | Programação multithreading | Bioinformática

Resumo

A solução de problemas genômicos propostos pelos biólogos tornou-se inviável sem o uso de ferramentas computacionais, o que desenvolveu, de maneira intensa, o campo da bioinformática, aproximando cientistas da computação e biólogos. A evolução da complexidade desses problemas fez com que o refinamento das diversas técnicas existentes de alinhamentos de biossequências e o reconhecimento de padrões fosse necessário, principalmente utilizando estratégias de otimização. Assim, o presente projeto propõe o desenvolvimento de uma ferramenta para alinhamento múltiplo de sequências, utilizando Algoritmos Genéticos, sobre o paradigma de programação multithreading. Com isso, além da eficiência em termos de resultados biológicos amplamente difundidos e obtidos com o uso de Algoritmos Genéticos, principalmente devido ao refinamento de parâmetros de mutação e recombinação gênica, almeja-se explorar a melhora no seu desempenho em termos de tempo de execução computacional, através do particionamento das tarefas realizadas durante o processo de alinhamento, distribuindo as suas operações entre as threads.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

AMORIM, ANDERSON RICI; NEVES, LEANDRO ALVES; VALENCIA, CARLOS ROBERTO; ROBERTO, GUILHERME FREIRE; DONEGA ZAFALON, GERALDO FRANCISCO. An approach for COFFEE objective function to global DNA multiple sequence alignment. COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY, v. 75, p. 39-44, AUG 2018. (13/08289-0)