Análise integrativa de expressão diferencial de genes para elucidar mecanismos moleculares que controlam a maciez da carne no gado Nelore

• Processo: 13/26121-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2014
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Luiz Lehmann Coutinho
• Beneficiário: Tassia Mangetti Gonçalves
• Supervisor: James M. Reecy
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Iowa State University, Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 12/23934-6 - Expressão diferencial de genes relacionados com maciez da carne em bovinos da raça nelore, BP.MS
• Assunto(s): Biologia computacional Biologia de sistemas Conectividade Expressão gênica diferencial Maciez da carne Gado Nelore
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: conectividade | Correlação | interações | rede | Bioinformática e biologia de sistemas

Resumo

Estudos de biologia de sistemas têm sido realizados em conjunto com a análise da expressão gênica para o aprofundamento das interações dinâmicas que ocorrem entre genes. O grande número de diferentes processos celulares pode estar recebendo uma abordagem reducionista por ter deficiências em análises que dificultam a interpretação de muitos genes e sua diferença na conectividade. Muitos pesquisadores têm desenvolvido programas que analisam redes complexas para uma melhor compreensão da biologia de sistemas. Para entender o processo biológico de maciez da carne, a análise integrativa é vantajosa para ajudar a desvendar a utilidade de todos os genes identificados na pesquisa. A proposta deste projeto é fazer uma abordagem de integração de redes que geram uma série de possíveis modelos que explicam a atividade de regulação da transcrição. Portanto, um dos métodos que serão utilizados é baseado no estudo de fatores de transcrição (FT), que desempenham um papel regulador importante no controle da expressão do genica, mostram a média absoluta da correlação da co-expressão de todos os genes. O algoritmo de fator de impacto regulatório (RIF) será utilizado para o estudo da ativação funcional dos FT. Outro método mais sensível que vai mostrar a diferença no comportamento ou co-expressão específica entre pares de genes e fará a quantificação de conectividade da expressão diferencial é o PCIT (Teoria da informação da correlação parcial). Também será analisada a importância de cada gene diferencialmente expresso no fenótipo na mudança do fator de impacto fenotípico (PIF). Todos estes estudos nos ajudará a elucidar o processo de maciez da carne. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

GONCALVES, TASSIA MANGETTI; DE ALMEIDA REGITANO, LUCIANA CORREIA; KOLTES, JAMES E.; MELLO CESAR, ALINE SILVA; DA SILVA ANDRADE, SONIA CRISTINA; MOURAO, GERSON BARRETO; GASPARIN, GUSTAVO; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; FRITZ-WATERS, ELYN; REECY, JAMES M.; et al. Gene Co-expression Analysis Indicates Potential Pathways and Regulators of Beef Tenderness in Nellore Cattle. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, OCT 5 2018. (13/26121-9, 12/23934-6)