Expressão diferencial de genes relacionados com maciez da carne em bovinos da raça nelore

Resumo

A qualidade da carne bovina no Brasil é importante tanto para o consumidor, como para a indústria alimentícia devido a alta competitividade e exigência do mercado nacional e internacional. Portanto, é necessário o desenvolvimento de pesquisas para melhorar a qualidade da carne bovina da raça Nelore (Bos indicus), principalmente a maciez, que é considerada uma das principais responsáveis por agregar valor a carne. O surgimento de tecnologias de nova geração proporcionam informações precisas, rápidas e baratas de todo genoma, mostrando grande vantagem em relação aos métodos convencionais de sequenciamento e de estudos de expressão gênica. Porém essas novas tecnologias geram um grande volume de dados, sendo necessário o uso de ferramentas de bioinformática para realizar as análises de sequenciamento e ter maior compreensão de mecanismos biológicos de regulação, controle celular, interações gênicas, entre outras aplicações. Em um estudo prévio, foram coletadas amostras do músculo Longissimus dorsi de 790 animais da raça Nelore e foram realizadas avaliações da força de cisalhamento 24 horas após abate, e com 7 e 14 dias de maturação. Com o objetivo de identificar genes diferencialmente expressos, foram selecionados 34 animais com valores extremos de maciez de carne da raça Nelore que estão sendo sequenciados pelo método de RNA-seq (Illumina HiScanSQ). Neste estudo, será realizado o processamento dos dados gerados pelo RNA-seq através de ferramentas de bioinformática. Para isso, serão utilizados os softwares Bowtie, TopHat, e o pacote Cufflinks. A análise estatística será realizada em ambiente R. Após a análise de expressão diferencial, serão feitas validações de cinco genes que forem significativos para maciez de carne pela técnica de RT-PCR quantitativo. (AU)