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Relação entre as variações no número de cópias do genoma com a expressão de genes associados ao perfil de ácidos graxos da carne de bovinos Nelore

Processo: 17/06603-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2017
Vigência (Término): 31 de agosto de 2020
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Fernando Sebastián Baldi Rey
Beneficiário:Marcos Vinícius Antunes de Lemos
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Assunto(s):Gado Nelore   Análise de sequência de RNA   Expressão gênica

Resumo

Os ácidos graxos da carne (AG) bovina podem contribuir de forma prejudicial para a saúde humana e têm recebido considerável atenção nos últimos anos. Vários estudos, utilizando raças taurinas, mostraram a existência de variabilidade genética e, portanto, a possibilidade de melhoramento genético na composição de ácidos graxos em bovinos de corte. Para este tipo de características a utilização de informações genômicas, por meio da chamada seleção genômica é recomendada. O CNV (CNV: do inglês Copy number variation) é uma fonte de variação estrutural genômica e está sendo cada vez mais utilizado em estudos genômicos. As informações obtidas nos arranjos de SNPs permitem que os CNVs sejam investigados em estudos de larga escala. O conhecimento da abundância e distribuição dos CNVs e de sua associação com fenótipos, bem como seus efeitos quando localizados em regiões interagências ou próximos a elas, são de grande interesse. No entanto, poucos estudos têm investigado a relação/efeito dos CNVs sobre a expressão gênica em bovinos. Assim, o objetivo desse estudo é avaliar o efeito das variações no número de copias do genoma de bovinos da raça Nelore sobre a expressão de genes relacionados ao metabolismo dos ácidos graxos da carne, no músculo longissimus thoracis (LT). Serão utilizados dados genotípicos de 3.794 animais, para a inferência de CNVs, e amostras de carne de 48 animais da raça Nelore, para o estudo de expressão gênica. Na genotipagem dos animais, foi utilizado um painel com aproximadamente 777.000 SNPs (Illumina BovineHD Beadchip) e através dos dados de genotipagem será feito a detecção dos CNV com o software PennCNV. O perfil dos AG foi analisado em amostras de LT utilizando cromatografia gasosa, com coluna capilar de 100 m. O RNA total foi extraído de cada amostra a partir de 100 mg de músculo LT congelado, para posteriormente montar os fragmentos alinhados de cada uma das amostras e então encontrar os genes diferencialmente expressos (DEG) para cada AG. O software IPA (IngenuityR Pathway Analysis) será utilizado para avaliar a lista de DEG para sobre-representação em vias canônicas. Para identificar genes de CNV expressos, os dados de RNA-seq serão processados usando a função UPC do pacote SCAN.UPC no sowftware "R". A validação dos CNVs será realizada em 20 animais utilizando a técnica de PCR em tempo real quantitativa (qPCR). As regiões de CNV que atuarem significativamente na expressão gênica, servirão como objetos de estudos para futuros estudos de mapeamento fino e associação genômica.