Dinâmica molecular de modelos simplificados da enzima SOD1 nas suas formas Holo e Apo

• Processo: 14/05831-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Jorge Chahine
• Beneficiário: Ana Paula Ribeiro Povinelli
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Simulação de dinâmica molecular Dobramento de proteína Estabilidade proteica Superóxido dismutase
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Enovelamento | Estabilidade | Modelo Baseado em Estrutura | Enovelamento de Proteínas

Resumo

A enzima conhecida por superóxido dismutase (SOD) catalisa reação que transforma o radical superóxido O2- em oxigênio e peróxido de hidrogênio. Uma espécie dessas enzimas, denominada Cu,Zn-superóxido dismutase (SOD1), tem cobre e zinco na sua estrutura nativa e é dependente dos metais para realizar a catálise. Nesse projeto pretende-se realizar simulações de dinâmica molecular em modelos simplificados de proteínas, com o objetivo de descrever o enovelamento da cadeia protéica na presença e ausência dos metais. As simulações têm como base a estrutura nativa da proteína. Constrói-se um potencial onde o mínimo da energia ocorre quando a cadeia adquire sua forma nativa. As trajetórias oriundas das simulações permitem obter o perfil de energia livre e assim estimar a estabilidade relativa das conformações da cadeia. Estudos de caráter experimentais mostram que a estabilidade protéica pode depender da presença dos metais, particularmente do zinco. Assim, o projeto tem o objetivo de realizar simulações na presença (estrutura "Holo") e ausência (estrutura "Apo") dos metais para verificar como a estabilidade do estado nativo se modifica nessas duas situações, o que permitiria comparar com dados experimentais. O potencial será construído a partir das duas estruturas, Holo e Apo, depositadas no banco de dados PDB. (AU)