Assinatura angiogênica patológica e seu poder prognóstico

• Processo: 14/21360-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 21 de maio de 2015
• Data de Término da vigência: 20 de maio de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: João Carlos Setubal
• Beneficiário: Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa
• Supervisor: Paul C. Boutros
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Ontario Institute for Cancer Research (OICR), Canadá
• Vinculado à bolsa: 12/15197-1 - Biologia de sistemas da formação de vasos sanguíneos: um estudo de transcriptoma, BP.DR
• Assunto(s): Angiogênese Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: angiogenese | assinatura gênica | bioinformática | Bioinformática

Resumo

A ramificação dos vasos sanguíneos existentes para formar novos vasos (angiogênese) é um processo fisiológico vital para qualquer vertebrado; mas esse processo vital também está envolvido na iniciação e progressão de doenças, incluindo cânceres, degeneração macular relacionadas à idade, retinopatias, entre outros. Nossa hipótese é de que, embora o processo macroscópico permaneça o mesmo, há diferenças moleculares entre a angiogênese fisiológica e patológica desencadeadas pelo microambiente da doença. Vamos investigar a existência de uma assinatura angiogênica patológica, explorando nossos resultados e conjuntos de dados disponíveis atualmente, bem como perfis angiogênicos públicos. Usaremos técnicas computacionais para definir uma assinatura angiogênica patológica, em seguida, avaliaremos seu poder prognóstico, bem como a sua capacidade de estratificar pacientes com relação a eventos-chave no desenvolvimento da doença (por exemplo, o desenvolvimento do tumor, invasividade e resistência à terapia). Vamos avaliar essas assinaturas usando grandes bases de dados clínicos de projetos como The Cancer Genome Atlas (TCGA) e International Cancer Genome Consortium (ICGC), que abrangem milhares de amostras de câncer de dezenas de tipos de tumor. Em particular, vamos focar no conjunto de dados pan-câncer ICGC, que é o maior conjunto de dados genômicos de câncer no mundo e que está sendo coordenado pelo Ontario Institute for Cancer Research (OICR). Se comprovarmos sua eficácia, esta assinatura pode ser incorporada à clinica argumentando para um tratamento baseado no perfil molecular da patologia e não apenas nas características físicas da doença, aumentando assim a sobrevivência do paciente. (AU)