Análise genômica em larga escala de elementos repetitivos com foco em cromossomos B do ciclídeo Astatotilapia latifasciata

• Processo: 14/16763-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Morfologia - Citologia e Biologia Celular
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: César Martins
• Beneficiário: Rafael Luiz Buogo Coan
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Assunto(s): Genética animal Genômica Cromossomos B Tilápia-do-Nilo Astatotilapia latifasciata
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Ciclídeos | Cromossomos B | DNAs repetitivos | Genômica | Genética Animal

Resumo

Cromossomos B são elementos supranumerários não homólogos ao conjunto cromossômico A, sendo encontrados em diversos grupos taxonômicos. Sua visão sempre foi associada a de um elemento parasita, porém novos estudos começam a propor modelos sobre sua origem, evolução e função dentro da célula. Sabe-se que sua natureza heterocromática provém da alta carga de elementos repetitivos que os constituem. Análises genômicas prévias e sequenciamento de nova geração foram realizados no ciclídeo africano Astatotilapia latifasciata, evidenciando grande quantidade desses elementos repetitivos em seus cromossomos B. A disponibilidade de novas abordagens de análise, que agrupa famílias de sequências repetitivas em grafos, sem a utilização de genomas de referência, tornou possível a caracterização desses elementos a partir de dados em larga escala de sequenciamento de nova geração. Esta abordagem é aplicada por meio da ferramenta RepeatExplorer, que possibilita a identificação desses elementos para posterior análise. Através de modelo computacional, análises de Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real (qPCR) e Hibridização In Situ de Fluorescência (FISH) o presente projeto visa identificar e caracterizar elementos repetitivos utilizando A. latifasciata como modelo, a fim de esclarecer o papel desses elementos na constituição e evolução dos cromossomos B. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

COAN, RAFAEL L. B.; MARTINS, CESAR. Landscape of Transposable Elements Focusing on the B Chromosome of the Cichlid Fish Astatotilapia latifasciata. GENES, v. 9, n. 6, JUN 2018. (14/16763-6, 15/16661-1, 13/04533-3)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

COAN, Rafael Luiz Buogo. Análise genômica em larga escala de elementos repetitivos com foco em cromossomos B do ciclídeo Astatotilapia latifasciata. 2016. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Botucatu Botucatu.