Visualização de dados genômicos, anotação integrativa e análise correlacional entre medidas fenotípicas e transcritos diferencialmente expressos em músculo de bovinos Nelore

• Processo: 16/16556-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2016
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2017
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Luciana Correia de Almeida Regitano
• Beneficiário: Bruno Gabriel Nascimento Andrade
• Instituição Sede: Embrapa Pecuária Sudeste. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA). São Carlos , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/23638-8 - Bases moleculares da qualidade da carne em bovinos da raça Nelore, AP.TEM
• Assunto(s): Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Anotação de Genomas | Genomica Animal | RNA-seq | Genética e Bioinformática

Resumo

Web Apollo é uma plataforma de edição de anotações de genomas online e possui como vantagem o fato de que anotadores podem trabalhar colaborativamente em tempo real, já que mudanças são armazenadas em nuvem. Esta plataforma permite operações de edição como a deleção, divisão e fusão de transcritos assim como a modificação de limites de exons, tendo sido utilizado com sucesso na edição de genomas bovinos. Utilizando esta ferramenta nós pretendemos integrar dados genômicos, transcriptômicos e fenotípicos para uma melhor anotação do genoma de um touro da raça Nelore. Utilizaremos também diversas ferramentas, como Ensembl-Biomart e Phenotest para identificar transcritos diferencialmente expressos e correlacioná-los a fenótipos extremos, como maciez de carne e gordura intramuscular. (AU)