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Homologia genômica entre bovinos e búfalos e comparação de diferentes algoritmos de máquinas de aprendizagem para a imputação de genótipos no genoma bubalino

Processo: 17/00462-5
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 28 de maio de 2017
Vigência (Término): 27 de maio de 2018
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Humberto Tonhati
Beneficiário:Daniel Jordan de Abreu Santos
Supervisor no Exterior: Li Ma
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa: University of Maryland, College Park, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:15/12396-1 - Imputação de genótipos de marcadores no genoma bubalino e seu impacto nas avaliações genômicas da produção de leite e seus constituintes, BP.PD
Assunto(s):Genômica

Resumo

A homologia entre búfalos e bovinos é especialmente importante para a transferência de tecnologias genômicas desenvolvidas entre estas espécies. O princípio da homologia pode ser aplicado para cobrir a carência de um genoma referência para búfalos, já que a referência genômica bovina está amplamente estudada. Assim, este projeto tem como objetivo determinar a existência de homologia entre as espécies de bovídeos para propor um rearranjo do genoma bubalino. Um painel de SNPs específico de bovinos será utilizado para as análises dos componentes principais (PCA) e de admixture com os dados genômicos de outros bovídeos. Um outro objetivo deste projeto é avaliar a eficiência da imputação de genótipos em búfalos usando os métodos de máquinas de aprendizado (MA). Considerando que os métodos de imputação dependem do ordenamento dos marcadores nas regiões a ser imputada, os métodos baseados em inteligência artificial pode ser uma boa alternativa para a imputação de genótipos em búfalos. Assim, serão comparados os métodos tradicionais para imputação que dependem da ordem dos SNPs com os métodos alternativos baseados nas MA. Os métodos de MA não requerem qualquer informação a priori sobre a relação entre as predições e os dados originais, e eles podem aprender esta relação pelos próprios dados, de acordo com o algoritmo de MA utilizado. Para este estudo, será utilizado os algoritmos de máquinas de vetor e suporte e de floresta aleatória que representam os algoritmos de aprendizado supervisionado e não supervisionado respectivamente. Diferentes cenários com poucos marcadores e diferentes populações de referência serão usados neste estudo. Os métodos tradicionais podem mostrar resultados um pouco melhores que os métodos de MA, mas para casos com marcadores com posição desconhecida, como para espécies sem genoma referência montando, as acurácias da imputação podem ser menores. Assim, considerando a ausência de estudos de imputação e de um genoma de referência específico para búfalos, a imputação de genótipos usando os métodos MA pode ser uma alternativa viável. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa:
Novo método aumenta eficiência na seleção de gado 
Un nuevo método aumenta la eficiencia en la selección de ganado  
New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency 
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (56 total):
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The Dairy Site (EUA): New Dairy Breeding Method Increases Genetic Selection Efficiency (09/Out/2019)
The Cattle Site (Reino Unido): New Dairy Breeding Method Increases Genetic Selection Efficiency (09/Out/2019)
The Beef Site (Reino Unido): New Dairy Breeding Method Increases Genetic Selection Efficiency (09/Out/2019)
Paulo Cabral: Pouca massa muscular pode indicar risco de morte para idosos (17/Set/2019)
UK Sires (Reino Unido): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (11/Jul/2019)
Belted Galloway Cattle: New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (11/Jul/2019)
Agrolink: Novo método aumenta eficiência na seleção de animais (10/Jul/2019)
A Notícia Agora: Pouca massa muscular pode indicar risco de morte para idosos (10/Jul/2019)
Jornal Agroin Agronegócios online: Novo método aumenta eficiência na seleção de animais (10/Jul/2019)
Sucesso no Campo: Novo método aumenta eficiência na seleção de animais (10/Jul/2019)
AgroAlimentando: Un nuevo método aumenta la eficiencia en la selección de ganado (10/Jul/2019)
Green Area (Líbano): Un nuevo método aumenta la eficiencia en la selección de ganado (10/Jul/2019)
EresViral (República Dominicana): Un nuevo método aumenta la eficiencia en la selección de ganado (10/Jul/2019)
Portal CN1: Pouca massa muscular pode indicar risco de morte para idosos (10/Jul/2019)
Brasil CT&I: Pouca massa muscular pode indicar risco de morte para idosos (10/Jul/2019)
SintapiCUT - Sindicato dos Aposentados, Pensionistas e Idosos: Pouca massa muscular pode indicar risco de morte para idosos (10/Jul/2019)
Mundo Agropecuario (Venezuela): Um novo método aumenta a eficiência da seleção de gado (09/Jul/2019)
Blog do Evando Moreira: Pouca massa muscular pode indicar risco de morte para idosos (09/Jul/2019)
Silva Jardim: Pouca massa muscular pode indicar risco de morte para idosos (09/Jul/2019)
NCYT Amazings (Espanha): Un nuevo método aumenta la eficiencia en la selección de ganado (08/Jul/2019)
The Bullvine (Canadá): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (08/Jul/2019)
Lab Manager (Canadá): New Dairy Cattle Breeding Method Increases Genetic Selection Efficiency (08/Jul/2019)
Ag Daily (EUA): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (08/Jul/2019)
Folha News Goiás: Pouca massa muscular pode indicar risco de morte para idosos (08/Jul/2019)
TechaPeek: New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (06/Jul/2019)
Phys.Org (Reino Unido): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (05/Jul/2019)
Long Room (EUA): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (05/Jul/2019)
The Beef Site (Reino Unido): New Dairy Cattle Breeding Method Increases Genetic Selection Efficiency (05/Jul/2019)
Feedstuffs (EUA): Novel Dairy Cattle Breeding Method Increases Genetic Selection Efficiency (05/Jul/2019)
Live Daily Times (EUA): Novel Dairy Cattle Breeding Method Increases Genetic Selection Efficiency (05/Jul/2019)
BibLeo News Network (EUA): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (05/Jul/2019)
MondialNews: New Dairy Cattle Breeding Method Increases Genetic Selection Efficiency (05/Jul/2019)
DairyBusiness (EUA): Novel Dairy Cattle Breeding Method Increases Genetic Selection Efficiency (05/Jul/2019)
Agrolatam: Un método que aumenta la eficiencia en la selección de ganado (05/Jul/2019)
Newsllive.com: New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (05/Jul/2019)
Suitax: New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (05/Jul/2019)
The Dairy Site (EUA): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (04/Jul/2019)
Portal CanaMix : Novo método aumenta eficiência na seleção de gado (04/Jul/2019)
The Cattle Site (Reino Unido): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (04/Jul/2019)
Perulactea (Peru): Un nuevo método aumenta la eficiencia en la selección de ganado (04/Jul/2019)
Jornal Joseense News: Novo método aumenta eficiência na seleção de gado (04/Jul/2019)
Agrovista Profits (Índia): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (04/Jul/2019)
Deuxieme (Holanda): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (04/Jul/2019)
Environmental News Network (EUA): New Dairy Cattle Breeding Method Increases Genetic Selection Efficiency (03/Jul/2019)
Bioengineer (Reino Unido): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (03/Jul/2019)
Health Medicine Network (EUA): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (03/Jul/2019)
Science Codex: New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (03/Jul/2019)
Scienmag Science Magazine (Reino Unido): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (03/Jul/2019)
Brightsurf: New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (03/Jul/2019)
Career Biotech: New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (03/Jul/2019)
AgroTV News: Unesp elabora método que aumenta eficiência na seleção de gado (03/Jul/2019)
Daily Science (Tokelau): New dairy cattle breeding method increases genetic selection efficiency (03/Jul/2019)
Inforex: Unesp elabora método que aumenta eficiência na seleção de gado (02/Jul/2019)
Compre Rural: Revolução: Método prediz se animal transmitirá características (01/Jul/2019)
Camisa 10: Pouca massa muscular pode indicar risco de morte para idosos (18/Jan/2019)
Felipe Vieira: Pouca massa muscular pode indicar risco de morte para idosos (09/Jul/2019)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE ABREU SANTOS, DANIEL JORDAN; FERREIRA DE CAMARGO, GREGORIO MIGUEL; CARDOSO, DIERCLES FRANCISCO; BUZANSKAS, MARCOS ELI; ASPILCUETA-BORQUIS, RUSBEL RAUL; HURTADO-LUGO, NAUDIN ALEJANDRO; DE ARAUJO NETO, FRANCISCO RIBEIRO; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; MA, LI; TONHATI, HUMBERTO. Linkage Disequilibrium-Based Inference of Genome Homology and Chromosomal Rearrangements Between Species. G3-GENES, GENOMES, GENETICS, v. 10, n. 7, p. 2327-2343, JUL 2020. Citações Web of Science: 0.
SANTOS, D. J. A.; COLE, J. B.; LAWLOR JR, T. J.; VANRADEN, P. M.; TONHATI, H.; MA, L. Variance of gametic diversity and its application in selection programs. JOURNAL OF DAIRY SCIENCE, v. 102, n. 6, p. 5279-5294, JUN 2019. Citações Web of Science: 1.
SANTOS, D. J. A.; COLE, J. B.; NULL, D. J.; BYREM, T. M.; MA, L. Genetic and nongenetic profiling of milk pregnancy-associated glycoproteins in Holstein cattle. JOURNAL OF DAIRY SCIENCE, v. 101, n. 11, p. 9987-10000, NOV 2018. Citações Web of Science: 0.

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