Traçando Assinaturas epigenômicas de tumores com Fenótipo de Ilhas CpG Metiladas (CIMP)

• Processo: 16/11039-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de abril de 2017
• Vigência (Término): 29 de fevereiro de 2020
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
• Pesquisador responsável: Houtan Noushmehr
• Beneficiário: Maritza Queiroz Salas Mosella
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 15/07925-5 - Softwares de código aberto contendo ferramentas estatísticas para análise e integração de conjuntos de dados epigenômicos produzidos em alta escala, a fim de decifrar e entender redes reguladoras de câncer, AP.JP
• Bolsa(s) vinculada(s): 17/10357-4 - Análise Compreensiva e Integrativa do Metiloma de Tumores Endócrinos que apresentam o Fenótipo de Hipermetilação de Ilhas CpG (CIMP), BE.EP.DR
• Assunto(s): Biologia computacional Expressão gênica Metilação de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformatics | DNA methylation | Endocrine | Epigenomics | gene expression | Histone modifications | Bioinformatica

Resumo

A metilação do DNA é um processo envolvido na estabilidade genética, organização genômica e desenvolvimento e tem sido associado com várias doenças, tais como o câncer. Nos canceres, a hipometilação geral do genoma em regiões não-promotoras e hipermetilação em ilhas CpG são observadas, sendo responsáveis pela super expressão de oncogenes e silenciamento de genes supressores tumorais, respectivamente. De acordo com a metilação diferencial do DNA, o câncer coloretal foi descrito como portador do fenótipo de ilhas CpG metiladas (CIMP), caracterizado por hipermetilação generalizada de ilhas CpG. O fenótipo CIMP foi descrito, no entanto em uma miríade de tumores. Dentre os mais consolidados, o adrenal (A-CIMP), o de mama (B-CIMP, do inglês "breast"), o coloretal (C-CIMP) e os gliomas (G-CIMP) serão o foco deste trabalho. Apesar de apresentar semelhanças entre tumores, o fenótipo CIMP aponta para características específicas em cada tumor, estando relacionado com bom e mau prognósticos. Dr. Noushmehr e colegas definiram pela primeira vez o G-CIMP e, recentemente, dois novos subgrupos de G-CIMP, denominados G-CIMP alto e G-CIMP baixo, subclassificação que também se aplica a outros tipos de tumores. Além do impacto de regiões promotoras, regiões reguladoras distais tais como enhancers e silenciadores desempenham um papel importante no controle da expressão gênica. Estudos recentes com C-CIMP apontam para interatomas proteína-proteína como biomarcadores para delinear os fenótipos CIMP/não-CIMP. Apesar do fenótipo CIMP ter sido amplamente explorado, a relação entre ele e elementos reguladores do genoma permanece por ser elucidado. No presente estudo pretendemos realizar uma análise "ômica" integrativa entre tumores CIMP, focando, além das regiões promotoras hipermetiladas, nas regiões não-promotoras.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MALTA, TATHIANE M.; DE SOUZA, CAMILA F.; SABEDOT, THAIS S.; SILVA, TIAGO C.; MOSELLA, MARITZA S.; KALKANIS, STEVEN N.; SNYDER, JAMES; CASTRO, ANA VALERIA B.; NOUSHMEHR, HOUTAN. Glioma CpG island methylator phenotype (G-CIMP): biological and clinical implications. NEURO-ONCOLOGY, v. 20, n. 5, p. 608-620, MAY 2018. (16/06488-3, 16/15485-8, 14/08321-3, 16/12329-5, 16/10436-9, 15/07925-5, 16/01975-3, 14/02245-3, 16/01389-7, 16/11039-3)

MOSELLA, MARITZA S.; SABEDOT, THAIS S.; SILVA, TIAGO C.; MALTA, TATHIANE M.; DEZEM, FELIPE SEGATO; ASMARO, KARAM P.; WELLS, MICHAEL; MUKHERJEE, ABIR; POISSON, LAILA M.; SNYDER, JAMES; et al. DNA methylation-based signatures classify sporadic pituitary tumors according to clinicopathological features. NEURO-ONCOLOGY, v. 23, n. 8, p. 1292-1303, AUG 2021. (16/11039-3, 14/03989-6, 17/10357-4)