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Traçando assinaturas epigenômicas de tumores com fenótipo de ilhas CpG metiladas (CIMP)

Processo: 16/11039-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de abril de 2017
Vigência (Término): 31 de outubro de 2019
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
Pesquisador responsável:Houtan Noushmehr
Beneficiário:Maritza Queiroz Salas Mosella
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:15/07925-5 - Softwares de código aberto contendo ferramentas estatísticas para análise e integração de conjuntos de dados epigenômicos produzidos em alta escala, a fim de decifrar e entender redes reguladoras de câncer, AP.JP
Bolsa(s) vinculada(s):17/10357-4 - Análise compreensiva e integrativa do metiloma de tumores endócrinos que apresentam o fenótipo de hipermetilação de ilhas CpG (CIMP), BE.EP.DR
Assunto(s):Biologia computacional   Expressão gênica

Resumo

A metilação do DNA é um processo envolvido na estabilidade genética, organização genômica e desenvolvimento e tem sido associado com várias doenças, tais como o câncer. Nos canceres, a hipometilação geral do genoma em regiões não-promotoras e hipermetilação em ilhas CpG são observadas, sendo responsáveis pela super expressão de oncogenes e silenciamento de genes supressores tumorais, respectivamente. De acordo com a metilação diferencial do DNA, o câncer coloretal foi descrito como portador do fenótipo de ilhas CpG metiladas (CIMP), caracterizado por hipermetilação generalizada de ilhas CpG. O fenótipo CIMP foi descrito, no entanto em uma miríade de tumores. Dentre os mais consolidados, o adrenal (A-CIMP), o de mama (B-CIMP, do inglês "breast"), o coloretal (C-CIMP) e os gliomas (G-CIMP) serão o foco deste trabalho. Apesar de apresentar semelhanças entre tumores, o fenótipo CIMP aponta para características específicas em cada tumor, estando relacionado com bom e mau prognósticos. Dr. Noushmehr e colegas definiram pela primeira vez o G-CIMP e, recentemente, dois novos subgrupos de G-CIMP, denominados G-CIMP alto e G-CIMP baixo, subclassificação que também se aplica a outros tipos de tumores. Além do impacto de regiões promotoras, regiões reguladoras distais tais como enhancers e silenciadores desempenham um papel importante no controle da expressão gênica. Estudos recentes com C-CIMP apontam para interatomas proteína-proteína como biomarcadores para delinear os fenótipos CIMP/não-CIMP. Apesar do fenótipo CIMP ter sido amplamente explorado, a relação entre ele e elementos reguladores do genoma permanece por ser elucidado. No presente estudo pretendemos realizar uma análise "ômica" integrativa entre tumores CIMP, focando, além das regiões promotoras hipermetiladas, nas regiões não-promotoras.

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