| Processo: | 17/05986-2 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado |
| Data de Início da vigência: | 27 de junho de 2017 |
| Data de Término da vigência: | 26 de junho de 2018 |
| Área de conhecimento: | Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação |
| Pesquisador responsável: | Roberto Marcondes Cesar Junior |
| Beneficiário: | Ricardo Luiz de Andrade Abrantes |
| Supervisor: | Marie-France Sagot |
| Instituição Sede: | Instituto de Matemática e Estatística (IME). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil |
| Instituição Anfitriã: | Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA Rhône-Alpes), França |
| Vinculado à bolsa: | 15/13430-9 - Enumerando histórias metabólicas multidimensionais: modelos e métodos, BP.PD |
| Assunto(s): | Transcriptômica Agrupamento de dados Metabolômica Biologia computacional |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Clustering | Metabolomica | otimização | Problemas de enumeração | Redes Metabólicas | Transcriptômica | Bioinformática |
Resumo Este é um projeto de pesquisa para solicitação da bolsa estágio de pesquisa no exterior (BEPE) - pós-doutorado, a ser realizada no INRIA, em Lyon, França.O trabalho consiste em redefinir formalmente o conceito de histórias metabólicas considerando dados de transcriptômica e metabolômica conjuntamente e de desenvolver um método que seja capaz de enumerar histórias metabólicas a partir de desses dois tipos de dados.Uma história metabólica é originalmente definida considerando-se dados de metabolômica, ou seja, medidas das variações de determinados compostos produzidos por um organismo entre duas situações experimentais distintas.Essencialmente, uma história metabólica é um conjunto de reações pelas quais podemos ter um fluxo de matéria que explique a variação dos compostos medidos.Desejamos redefinir este conceito no contexto de dados de transcriptômica, ou seja, dados que quantificam a presença de moléculas de RNA mensageiro que estão expressas em um determinado momento em uma célula ou em uma população de células.Temos o interesse de estudar, do ponto de vista teórico, a complexidade de enumerar histórias segundo essa nova definição. Do ponto de vista prático, desejamos também desenvolver um método computacional suficientemente robusto para a enumeração de tais estruturas e de desenvolver un pipeline para a análise das histórias geradas. Esse pipeline será baseado na transformação dos dados gerados em vetores de característica e no agrupamento dos mesmos, através de métodos de clustering, em grupos para simplificar sua vizualização e análise. (AU) | |
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