Explorando análises de eQTL para perfil de ácidos graxos da carne em bovinos da raça Nelore

• Processo: 17/21757-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2018
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Henrique Nunes de Oliveira
• Beneficiário: Camila Urbano Braz
• Supervisor: Guilherme Jordao de Magalhaes Rosa
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of Wisconsin-Madison (UW-Madison), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 16/21201-2 - Mapeamento e caracterização de eQTL associados ao perfil de ácidos graxos da carne em bovinos Nelore, BP.PD
• Assunto(s): Haplotipos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: co-expression network | expression quantitative trait loci | fatty acid | Gwas | Haplótipos | Snp | Genética e Melhoramento Animal

Resumo

Profissionais de saúde têm recomendado uma redução no consumo de ácidos graxos saturados e um aumento na ingestão de ácidos graxos insaturados. Isso tem motivado o desenvolvimento de estratégias que visam alterar a composição de ácidos graxos na carne para ser mais compatíveil com os requisitos dos consumidores. Muitos estudos de associação genômica ampla (GWAS) têm identificado variantes genéticas em regiões não codificantes do genoma associadas com ácidos graxos na carne de Bos indicus e Bos Taurus, os quais provavelmente estão envolvidos na regulação gênica. A determinação de quais regiões genômicas são responsáveis pela regulação da transcrição pode ser alcançada por meio do mapeamento de eQTL (locos controladores da expressão de características quantitativas). As análises de co-localização entre eQTL e QTL e as redes de co-expressão de genes são abordagens para explorar a informação dos eQTL no melhoramento genético animal. Assim, o objetivo deste projeto é sobrepor eQTL encontrados nos dados do RNA-seq do músculo de bovinos Nelore com SNPs e haplótipos associados aos ácidos graxos da carne bovina e realizar uma análise de rede de co-expressão de genes para identificar redes reguladoras e genes altamente conectados. Dezesseis ácidos graxos individuais serão analisados em GWAS (utilizando SNPs e haplótipos) pelo software GEMMA e serão co-localizados com os eQTL significativos. Além disso, uma abordagem bem estabelecida baseada em redes gênicas (Weighted Gene Co-Expression Network Analysis - WGCNA), implementada no pacote WGCNA do software R, será adotada para identificar módulos em redes de genes de co-expressão utilizando os genes regulados e associados aos ácidos graxos. Combinando todas essas análises, espera-se um melhor entendimento dos mecanismos moleculares que afetam aos ácidos graxos da carne de animais da raça Nelore.