Atuação de piwiRNAs no silenciamento de elementos transponíveis na presença do cromossomo B de Astatotilapia latifasciata (Cichlidae)

• Processo: 17/25193-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2018
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: César Martins
• Beneficiário: Jordana Inácio Nascimento Oliveira
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 15/16661-1 - Cromossomos sexuais, cromossomos B e seus enigmas: sistemas modelo para estudos de evolução cromossômica e genômica, AP.TEM
• Assunto(s): Elementos de DNA transponíveis RNA interferente pequeno Cromossomos B Ciclídeos Astatotilapia latifasciata Genômica funcional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Ciclídeo | Cromossomo B | Elemento transponível | Genômica Funcional | piwiRNA | Genética Animal

Resumo

Os cromossomos supernumerários B (Bs) são encontrados em uma variedade de organismos eucariotos, não seguem os padrões de segregação de herança mendeliana e possuem seu próprio mecanismo de transmissão (drive), que é pouco compreendido do ponto de vista molecular. A constituição genômica dos Bs revela um mosaico de sequências, que inclui DNA repetitivos, genes e pseudogenes. Estudos têm relacionado esse elemento a diversas funções, como variabilidade gênica entre populações, efeitos na fertilidade, adaptação e ponte evolutiva para a origem de cromossomos sexuais. Sabe-se que no ciclídeo africano Astatotilapia latifasciata o cromossomo B é enriquecido de sequências de DNA repetitivo, principalmente elementos transponíveis (TEs), sendo alguns deles diferencialmente expressos. Adicionalmente, dados em larga escala de transcriptomas e microRNomas para esse ciclídeo tem revelado atividade transcricional diferencial entresexos e, ainda, entre indivíduos B- e B+. Adicionalmente, foi identificada cópia do gene pld6 com alta integridade no cromossomo B. Este gene participa da biogênese de piwiRNAs (piRNAs), responsáveis por silenciar elementos transponíveis e garantir a integridade do genoma em gônadas. Sabendo que tanto TEs como cromossomos B são conhecidos como elementos egoístas sugere-se que a atividade dos piRNAs seja diferentemente regulada na presença do B. Desta forma, as perspectivas para investigação sob o foco funcional mostram-se bastante promissoras para o entendimento do comportamento e influências desse cromossomo no ambiente celular. Este trabalho propõe investigar a atividade de piRNAs e TEs em gônadas de A. latifasciata na presença do cromossomo B. Para isso, usando os dados já existentes de transcriptoma, sequenciamento de pequenos RNAs e genomas de A. latifasciata, será feita análise in silico da predição, expressão dos piRNAs e proteínas relacionadas à biogênese de piRNAs, e transposição. Posteriormente, os resultados obtidos in silico serão validados através de ensaios de expressão e localização celular. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

NASCIMENTO-OLIVEIRA, JORDANA INACIO; FANTINATTI, BRUNO EVARISTO ALMEIDA; WOLF, IVAN RODRIGO; CARDOSO, ADAUTO LIMA; RAMOS, ERICA; RIEDER, NATHALIE; DE OLIVEIRA, ROGERIO; MARTINS, CESAR. Differential expression of miRNAs in the presence of B chromosome in the cichlid fish Astatotilapia latifasciata. BMC Genomics, v. 22, n. 1, MAY 12 2021. (15/16661-1, 17/25193-7, 16/09320-6)

OLIVEIRA, JORDANA INACIO NASCIMENTO; CARDOSO, ADAUTO LIMA; WOLF, IVAN RODRIGO; DE OLIVEIRA, ROGERIO ANTONIO; MARTINS, CESAR. First characterization of PIWI-interacting RNA clusters in a cichlid fish with a B chromosome. BMC Biology, v. 20, n. 1, p. 18-pg., 2022-09-21. (15/16661-1, 16/09320-6, 17/25193-7)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

OLIVEIRA, Jordana Inácio Nascimento. Caracterização de pequenos RNAs não-codificantes (microRNAs e PIWI-interacting RNAs) na presença do cromossomo B do ciclídeo africano Astatotilapia latifasciata. 2022. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Botucatu Botucatu.