Exploração de dados de sequenciamento de nova geração para descobrir o conteúdo genômico e origem dos cromossomos B.

• Processo: 18/03877-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: César Martins
• Beneficiário: Syed Farhan Ahmad
• Supervisor: Rachel Oneill
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of Connecticut (UCONN), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 14/16477-3 - Análise genômica em larga escala aplicadas à biologia de Cromossomos B, BP.DR
• Assunto(s): Genes Genomas Genômica Biologia computacional Evolução Sequenciamento de nova geração
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Abracris flavolineata | Astyanax correntinus | Astyanax mexicanus | B chromosomes | bioinformatics | evolution | genes | genomes | Genomics | Next generation sequencing | Genômica, Biologia dos cromossomos

Resumo

Os cromossomos B (Bs), também conhecidos como cromossomos supernumerários ou acessórios, são adicionais e constituintes não essenciais de cariótipos. A origem genética, evolução e composição de Bs permanece ainda em debate. Nós sequenciamos os genomas completos de três espécies incluindo os peixes Astyanax mexicanus, Astyanax correntinus e o gafanhoto Abracris flavolinea com e sem Bs para identificar as seqüências localizadas em B. Aqui propomos um projeto de pesquisa (a ser desenvolvido durante um estágio de seis meses no exterior), visando investigar profundamente estes sequências através de aplicações de metodologias avançadas de genômica e bioinformática. A análise compreenderá etapas como análise comparativa e anotação de genes ao longo do cromossomo B, incluindo estudos evolutivos. O desenvolvimento do projeto atual permitirá a identificação de genes presentes em Bs de diferentes espécies e seu possível papel biológico e origem evolutiva. Além disso, o estágio facilitará o candidato de doutorado experimentar um atmosfera científica diferente em um laboratório nos EUA, o que contribuirá muito para sua carreira.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

AHMAD, SYED F.; JEHANGIR, MARYAM; CARDOSO, ADAUTO L.; WOLF, IVAN R.; MARGARIDO, VLADIMIR P.; CABRAL-DE-MELLO, DIOGO C.; O'NEILL, RACHEL; VALENTE, GUILHERME T.; MARTINS, CESAR. B chromosomes of multiple species have intense evolutionary dynamics and accumulated genes related to important biological processes. BMC Genomics, v. 21, n. 1, SEP 23 2020. (18/03877-4, 15/16661-1, 14/16477-3)