Prospecção e caracterização de promotores responsivos a hipóxia utilizando genômica funcional

• Processo: 19/04604-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2019
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Rafael Silva Rocha
• Beneficiário: Ana Beatriz Faulborn Denardi
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/22921-8 - Abordagens de biologia sintética para decifrar os mecanismos de integração de sinais em promotores bacterianos complexos, AP.JP
• Assunto(s): Biologia sintética Regulação da expressão gênica Genômica funcional Hipóxia Salmonella Escherichia coli Biblioteca genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biologia Sintetica | Functional genomics | Regulação gênica | Biologia Sintética

Resumo

Uma das grandes limitações nas abordagens de biologia sintética é a falta de uma grande diversidade de partes biológicas finamente caracterizadas que permitam a construção de circuitos sintéticos complexos. Por outro lado, o uso de bactérias como agentes oncolíticos é uma das abordagens inovadoras no tratamento do câncer. Algumas linhagens de bactérias se acumulam e crescem preferencialmente dentro do tecido tumoral, indicando um favorecimento do microambiente à sobrevivência e/ou crescimento de algumas espécies e cepas bacterianas. Dessa forma, no presente projeto, será realizada a mineração e caracterização de novos promotores responsivos a hipóxia a partir do genoma da bactéria de relevância clinica Salmonella spp. Assim, será construída uma biblioteca genômica a partir do material genético de Salmonella spp. em um vetor contendo o gene repórter FbFP (proteína fluorescente independente de oxigênio) sem promotor. Após a introdução da biblioteca em Escherichia coli, será realizada uma triagem por promotores que respondam a condições de hipóxia. Seguidamente, o DNA plasmidial dos clones positivos serão sequenciados visando a identificação dos novos promotores. Finalmente, os novos promotores responsivos a hipóxia serão caracterizados em cepas de E. coli e Salmonella. Os dados gerados neste projeto serão integrados com os obtidos no projeto que visa a construção de um circuito genético para melhorar o efeito antitumoral da Salmonella spp.