Desenvolvimento de um pipeline de bioinformática para identificação de doenças infecciosas emergentes em pacientes em regime de transfusão crônica

• Processo: 19/07861-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Svetoslav Nanev Slavov
• Beneficiário: Ian Nunes Valença
• Instituição Sede: Hemocentro de Ribeirão Preto. Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da USP (HCMRP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 17/23205-8 - Avaliação do impacto de vírus emergentes e re-emergentes em hemoterapia e transplante de células-tronco por meio de técnicas moleculares avançadas, AP.JP
• Assunto(s): Biologia computacional Metagenômica Medicina transfusional Transfusão de sangue Doenças transmissíveis emergentes Pipeline (hardware)
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Ferramentas de Bioinformática | metagenômica | pacientes com múltiplas transfusões | Pipeline | Virus Emergentes | Bioinformática

Resumo

Os estudos envolvendo metagenômica viral vem conquistando o espaço científico nas últimas décadas devido os avanços revolucionários do sequenciamento de nova geração (do inglês Next Generation Sequencing, SNG) e, principalmente, devido a possiblidade de avaliar a presença de agentes infecciosos virais emergentes sem a necessidade de conhecer qualquer característica genômica dos mesmos. Nesse panorama, destacam-se os pacientes que recebem múltiplas transfusões de sangue ou tratamentos contínuos com hemoderivados (beta-talassemia, anemia falciforme e hemofilia) pelo fato de apresentarem um alto risco de aquisição de doenças infecciosas parenterais e manifestarem alterações imunológicas que permitem o desenvolvimento de infecções virais crônicas. Portanto, esse grupo torna-se um alvo de interesse para identificação de agentes virais emergentes, re-emergentes e não suspeitos que, por um lado, podem afetar de uma maneira negativa a sobrevivência dos pacientes e por outro podem revelar agentes virais não suspeitos com impacto na medicina transfusional. Um dos maiores desafios da análise do metagenoma viral é apresentado pela condução da análise bioinformática. Algumas dificuldades incluem o processamento de grande quantidade de dados, falta de recursos humanos capacitados para a execução das análises no Brasil, sofisticação das ferramentas de bioinformática e a interpretação da relevância clínica dos dados obtidos. Portanto, o objetivo dessa proposta é desenvolver um pipeline utilizando ferramentas bioinformáticas para analisar o viroma em amostras de sangue obtidas de pacientes com talassemia, anemia falciforme e hemofilia. Adicionalmente, será feita uma análise da evolução molecular dos agentes virais com relevância clínica incluindo análise filogenética, presença de subpopulações virais e genótipos circulantes. O desenvolvimento desse projeto conta com colaborações internacionais do Instituto Pasteur, Paris, França e o Instituto Nacional de Transfusão Sanguínea, Paris, França. (AU)

Publicações científicas

(12)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; VALENCA, IAN N.; RUY, PATRICIA DE CASSIA; XIMENEZ, JOAO P. B.; SILVA JUNIOR, WILSON A.; COVAS, DIMAS T.; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV N.. The novel coronavirus SARS-CoV-2: From a zoonotic infection to coronavirus disease 2019. Journal of Medical Virology, v. 92, n. 11, JUN 2020. (19/08528-0, 18/15826-5, 19/07861-8)

I.N. VALENÇA; F.A. RÓS; V.S. ZUCHERATO; A.C. SILVA-PINTO; D.T. COVAS; S. KASHIMA; S.N. SLAVOV. Comparative metavirome analysis in polytransfused patients. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, v. 54, n. 12, 2021-10-18. (20/13194-1, 19/22155-2, 18/15826-5, 17/23205-8, 19/07861-8)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; DIEFENBACH, CRISTIANE FRACAO; PEREIRA, DALNEI VEIGA; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Viral metagenomics performed in patients with acute febrile syndrome during Toxoplasma gondii outbreak in south Brazil. Brazilian Journal of Infectious Diseases, v. 24, n. 3, p. 250-255, MAY-JUN 2020. (19/07861-8, 18/15826-5, 19/08528-0, 17/23205-8)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; DE OLIVEIRA, LEONARDO SCALON; MORENO, EDSON L.; UBIALI, EUGENIA M. AMORIM; SILVEIRA, ROBERTA MARANINCHI; DA SILVA JUNIOR, WILSON A.; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV N.. Viral metagenomics in blood donations with post-donation illness reports from Brazil. BLOOD TRANSFUSION, v. 19, n. 2, p. 93-101, MAR-APR 2021. (19/07861-8, 14/50947-7, 19/08528-0)

VALENCA, IAN NUNES; DOS SANTOS, RAFAEL BEZERRA; PERONNI, KAMILA CHAGAS; SAUVAGE, VIRGINIE; VANDENBOGAERT, MATHIAS; CARO, VALERIE; DA SILVA JUNIOR, WILSON ARAUJO; COVAS, DIMAS TADEU; SILVA-PINTO, ANA CRISTINA; LAPERCHE, SYRIA; et al. Deep sequencing applied to the analysis of viromes in patients with beta-thalassemia. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, v. 63, 2021. (19/07861-8, 18/15826-5, 19/08528-0, 17/23205-8)

NUNES VALENCA, I; SILVA-PINTO, A. C.; ARAUJO DA SILVA JUNIOR, W.; COVAS, D. TADEU; KASHIMA, S.; NANEV SLAVOV, S.. Viral metagenomics in Brazilian multiply transfused patients with sickle cell disease as an indicator for blood transfusion safety. TRANSFUSION CLINIQUE ET BIOLOGIQUE, v. 27, n. 4, p. 237-242, NOV 2020. (18/22009-3, 17/23205-8, 19/07861-8, 18/15826-5, 19/08528-0)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; BITENCOURT, HELLEN TAYANA; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Molecular evolution pattern of Merkel cell polyomavirus identified by viral metagenomics in plasma of high-risk blood donors from the Brazilian Amazon. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 85, NOV 2020. (19/08528-0, 17/23205-8, 18/15826-5, 19/07861-8)

VALENCA, IAN NUNES; BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; DE OLIVEIRA, LUCIANA CORREA OLIVEIRA; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Deep viral metagenomics in patients with haemophilia receiving plasma-derived coagulation factor concentrates. HAEMOPHILIA, v. 27, n. 5, JUL 2021. (20/13194-1, 17/23205-8, 19/08528-0, 19/07861-8)

RAFAEL DOS SANTOS BEZERRA; KAMILA CHAGAS PERONNI; BRUNA DURÃES DE FIGUEIREDO BARROS; LEONARDO SCALON DE OLIVEIRA; EVANDRA STRAZZA RODRIGUES; ROCHELE AZEVEDO; EUGÊNIA MARIA AMORIM UBIALI; DIMAS TADEU COVAS; SIMONE KASHIMA; SVETOSLAV NANEV SLAVOV. Viral metagenomics in blood donors with post-donation diseases and negative tests for dengue and Zika viruses RNA detection during a major outbreak of arboviruses in Sao Paulo State in 2016. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, v. 62, p. -, 2020. (19/08528-0, 18/15826-5, 19/07861-8, 17/23205-8)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; BUB, CAROLINA BONET; PERONNI, KAMILA CHAGAS; DE FIGIUEIREDO BARROS, BRUNA DURAES; DA COSTA LIRA, SANNY MARCELE; KUTNER, JOSE MAURO; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Virome comparison of deferred blood donations obtained from different geographic regions in the Sao Paulo State, Brazil. TRANSFUSION AND APHERESIS SCIENCE, v. 60, n. 3, JUN 2021. (17/23205-8, 19/08528-0, 19/07861-8, 18/15826-5)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; DE MELO JORGE, DANIEL MACEDO; CASTRO, ITALO ARAUJO; MORETTO, EDSON LARA; DE OLIVEIRA, LEONARDO SCALON; AMORIM UBIALI, EUGENIA MARIA; COVAS, DIMAS TADEU; ARRUDA, EURICO; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Detection of Influenza A(H3N2) Virus RNA in Donated Blood. Emerging Infectious Diseases, v. 26, n. 7, p. 1621-1623, JUL 2020. (17/23205-8, 19/07861-8, 18/15826-5, 19/08528-0)

BEZERRA, RAFAEL S.; BITENCOURT, HELLEN T.; COVAS, DIMAS T.; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV N.. Metagenomic identification of human Gemykibivirus-2 (HuGkV-2) in parenterally infected blood donors from the Brazilian Amazon. INTERNATIONAL JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES, v. 98, p. 3-pg., 2020-09-01. (19/08528-0, 18/15826-5, 19/07861-8, 17/23205-8)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

VALENÇA, Ian Nunes. Desenvolvimento de uma pipeline de bioinformática para a identificação de doenças infecciosas emergentes em pacientes com regime de transfusão crônica. 2021. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (PCARP/BC) Ribeirão Preto.