Técnica para construção de oligopaints completos a partir sequências heterocromáticas usando como modelo o cromossomo Y de Drosophila melanogaster

• Processo: 19/14878-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Maria Dulcetti Vibranovski
• Beneficiário: Isabela Pimentel de Almeida
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 15/20844-4 - O papel da gametogênesis na origem e evolução dos genes novos, AP.JP
• Assunto(s): Biologia computacional Genômica Espermatogênese Cromossomo Y Heterocromatina
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | espermatogênese | sequência repetitiva | Genômica Evolutiva e Bioinformática

Resumo

Pesquisas que focam no entendimento da sequência e organização da heterocromatina permitem que funções essenciais para o organismo como um todo sejam melhor compreendidas. Um dos principais obstáculos em estudos com o cromossomo Y está relacionado justamente ao estado heterocromático desta estrutura, que em Drosophila melanogaster é formada por aproximadamente 41 Mb de sequências altamente repetitivas. Com aplicações em estudos citogenéticos, o protocolo para construção de sondas oligopaints não costuma incluir tais sequências. Considerando que existem apenas 1381 sondas para o cromossomo Y de D. melanogaster, enquanto que para seus outros cromossomos esse valor é ao menos dez vezes maior, oligopaints desta estrutura não permitem análises tão profundas quanto para os outros. Usando o cromossomo Y de D. melanogaster como modelo, este projeto objetiva identificar sequências repetitivas exclusivas do mesmo através do método YGS (Y chromosome Genome Scan), aumentando o número de sondas conhecidas para essa estrutura e permitindo construir seu oligopaint completo. Assim, sendo possível compilar as metodologias envolvidas para o desenvolvimento de uma nova técnica que possibilite construir oligopaints do cromossomo Y de qualquer espécie de interesse. A análise dos resultados e da própria eficiência e qualidade dos oligopaints obtidos será dada através da comparação direta entre estes e os gerados a partir das 1381 sondas atualmente conhecidas para o cromossomo Y.

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

ALMEIDA, Isabela Pimentel de. Pipeline OligoY para desenho de sondas oligopaint do cromossomo Y incluindo sequências repetitivas. 2022. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.