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Técnica para construção de oligopaints completos a partir sequências heterocromáticas usando como modelo o cromossomo Y de Drosophila melanogaster

Processo: 19/14878-4
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Mestrado
Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2019
Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2021
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:Maria Dulcetti Vibranovski
Beneficiário:Isabela Pimentel de Almeida
Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:15/20844-4 - O Papel da Gametogênesis na Origem e Evolução dos Genes Novos, AP.JP
Assunto(s):Biologia computacional   Genômica   Espermatogênese   Cromossomo Y   Heterocromatina
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformática | espermatogênese | sequência repetitiva | Genômica Evolutiva e Bioinformática

Resumo

Pesquisas que focam no entendimento da sequência e organização da heterocromatina permitem que funções essenciais para o organismo como um todo sejam melhor compreendidas. Um dos principais obstáculos em estudos com o cromossomo Y está relacionado justamente ao estado heterocromático desta estrutura, que em Drosophila melanogaster é formada por aproximadamente 41 Mb de sequências altamente repetitivas. Com aplicações em estudos citogenéticos, o protocolo para construção de sondas oligopaints não costuma incluir tais sequências. Considerando que existem apenas 1381 sondas para o cromossomo Y de D. melanogaster, enquanto que para seus outros cromossomos esse valor é ao menos dez vezes maior, oligopaints desta estrutura não permitem análises tão profundas quanto para os outros. Usando o cromossomo Y de D. melanogaster como modelo, este projeto objetiva identificar sequências repetitivas exclusivas do mesmo através do método YGS (Y chromosome Genome Scan), aumentando o número de sondas conhecidas para essa estrutura e permitindo construir seu oligopaint completo. Assim, sendo possível compilar as metodologias envolvidas para o desenvolvimento de uma nova técnica que possibilite construir oligopaints do cromossomo Y de qualquer espécie de interesse. A análise dos resultados e da própria eficiência e qualidade dos oligopaints obtidos será dada através da comparação direta entre estes e os gerados a partir das 1381 sondas atualmente conhecidas para o cromossomo Y.

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Publicações científicas
(As publicações científicas contidas nesta página são originárias da Web of Science ou da SciELO, cujos autores mencionaram números dos processos FAPESP concedidos a Pesquisadores Responsáveis e Beneficiários, sejam ou não autores das publicações. Sua coleta é automática e realizada diretamente naquelas bases bibliométricas)
ALMEIDA, ISABELA; BRUNO, HENRY A. B.; GUIMARAES DUPIM, EDUARDO; SANTANA PINHEIRO, MARA MARIA L.; CARVALHO, ANTONIO BERNARDO; VIBRANOVSKI, MARIA D.. . BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, v. 26, n. 5, p. 9-pg., . (19/14878-4, 15/20844-4, 23/13517-3, 23/14607-6, 13/08028-1, 19/10559-1)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
ALMEIDA, Isabela Pimentel de. Pipeline OligoY para desenho de sondas oligopaint do cromossomo Y incluindo sequências repetitivas. 2022. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.