Estudo de estruturas atípicas na visualização do relevo de energia proteico

• Processo: 22/08738-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2022
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2023
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Física
• Pesquisador responsável: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Beneficiário: Juliana Bueno de Camargo
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Simulação de dinâmica molecular Dobramento de proteína Biofísica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dinâmica Molecular | Enovelamento de proteínas | Escalonamento Multimensional (MDS) | modelos baseado em estrutura | Relevo de Energia | Biofísica Molecular

Resumo

A elucidação dos mecanismos funcionais em proteínas é uma questão desafiadora de enorme relevância e importantes patologias estão associadas às suas disfunções. A abordagem do relevo de superfícies de energia (energy landscapes) tem contribuído significativamente para o entendimento de mecanismos biomoleculares, em que o enfoque do problema do enovelamento de proteína é o seu sucesso mais notável. Nosso grupo no IBILCE-UNESP desenvolveu uma técnica para o estudo do relevo de energia proteico. Este método, chamado Energy Landscape Visualization Method (ELViM), foi concebido para visualização do funil de enovelamento de proteínas, e apresenta grande potencial de detalhamento de mecanismos biomoleculares por ir além da representação unidimensional. Dado um conjunto de conformações proteicas, o método gera uma representação bidimensional do relevo de energia, que permite explorar detalhes destes sistemas. Ocorre que quando é feita a projeção no espaço bidimensional, frequentemente ocorrem configurações atípicas que ficam significativamente distantes de todos os demais pontos na projeção, a ponto de distorcer o panorama geral da representação. O presente projeto visa entender e caracterizar estas estruturas atípicas. A compreensão destes estados permitirão introduzir filtros para uma melhor representação destas superfícies de energia.