Pan grass syntenic gene set baseado na inclusão de cana-de-açúcar e na via de biossíntese de tiamina

• Processo: 22/16208-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2023
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2023
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Henrique Moura Dias
• Supervisor: James Carey Schnable
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of Nebraska-Lincoln (UNL), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 19/08239-9 - Investigando os aspectos biológicos de THI1 em plantas, BP.DD
• Assunto(s): Poaceae Cana-de-açúcar Genômica comparativa Mapeamento genético Genes sintéticos Tiamina
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Mapping syntenic genes | Plant Comparative Genomics | Poaceae | sugarcane | Thiamine pathway genes | Genômica comparativa

Resumo

O desenvolvimento de um conjunto de genes sintéticos pan-gramínea pode produzir uma visão de alta resolução dos padrões e processos de evolução molecular. No entanto, alavancar informações em vários genomas continua sendo um desafio significativo em quase todos os sistemas eucarióticos, especialmente a cana-de-açúcar, uma gramínea altamente poliploide. Esses desafios vão desde estudar a evolução da estrutura cromossômica posicionando genes candidatos para loci de características quantitativas, até testar hipóteses sobre especiação, domesticação e adaptação. Aqui, apresentamos uma proposta de estágio de pesquisa no exterior BEPE, que aborda esses desafios integrando a ortologia de genes da via de tiamina (altamente conservados) para definir a posição física esperada de todos os genes em vários genomas de gramíneas englobando a inclusão da cana-de-açúcar R570 no Pan Grass Syntenic Gene Set desenvolvido pelo grupo de pesquisa do professor James Schnable. Propõe-se inicialmente o desenvolvimento de tal abordagem com o uso da referência monoploide da cana-de-açúcar (R570), onde buscaremos dissecar a presença-ausência, número de cópias e variação estrutural que abrange o conjunto sintênico desenvolvido pelo grupo no exterior. Métodos para construir e visualizar a ortologia sintênica, bem como a inclusão da cana-de-açúcar, podem oferecer um acréscimo significativo à comunidade de estudos genômicos da cana-de-açúcar. (AU)