Identificação de estruturas de proteínas utilizando o AphaFold em dados de transcriptoma de planta-microorganismos

• Processo: 24/04412-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2024
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2025
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Luciana Renata de Oliveira
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 16/17545-8 - Contribuição de genes, genomas e elementos de transposição na interação entre plantas e micro-organismos: estudo de caso em cana-de-açúcar, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Anotação Elementos estruturais de proteínas Transcriptoma Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: anotação | Caracterização de proteínas | estrutura de proteínas | Transcriptoma | Biologia computacional

Resumo

A interação planta-microorganismos representa um dos processos de fundamental relevância para o funcionamento de ecossistemas naturais, bem como agrícolas. A compreensão de seus componentes e dos processos que controlam essa interação biológica tem potencial de melhorar a produtividade das culturas e monitorar a qualidade ambiental. Este projeto pretende contribuir na elucidação deste sistema complexo através da utilização de ferramentas de bioinformática dos transcriptomas de planta-microorganismos para identificar e classificar a estrutura de proteínas através dos transcritos únicos e compartilhados entre as variedades de cana de açucar.A classificação será feita através do AlphaFold, que é um sistema de inteligência artificial desenvolvido pela DeepMind que faz previsões precisas de última geração da estrutura de uma proteína a partir de sua sequência de aminoácidos.