Classificação e anotação de Metagenome-Assembled Genomes

• Processo: 25/03197-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2025
• Data de Término da vigência: 12 de junho de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: João Carlos Setubal
• Beneficiário: Izabel de Geus Monteiro Gomes
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 21/10577-0 - Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3), AP.CEPID
• Assunto(s): Biologia computacional Metagenômica Microbiota
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | MAGs | metagenômica | Microbioma | Metagenômica e Bioinformática Microbiana

Resumo

Este trabalho visa o desenvolvimento de uma ferramenta para classificar e anotar Metagenome-Assembled Genomes (MAGs) de microrganismos procariontes. Os avanços nas técnicas de sequenciamento de DNA têm permitido novos insights sobre a diversidade microbiana, incluindo a descoberta de MAGs sem classificação taxonômica. Neste contexto, os MAGs podem ser classificados em três categorias principais: SMAGs (MAGs classificados taxonomicamente até o nível de espécie), HMAGs (MAGs hipotéticos) e CHMAGs (MAGs hipotéticos conservados). Não existe uma ferramenta que classifique automaticamente um dado MAG em SMAG, CHMAG, ou HMAG. O objetivo da ferramenta proposta é fazer esta classificação, assim como fornecer ao usuário diversas informações derivadas dos genomas e MAGs ortólogos ao MAG de entrada que permitam uma melhor compreensão da distribuição ecológica e geográfica do MAG de entrada e de seus ortólogos. A ferramenta proposta integrará componentes como o GTDB-Tk, a base de dados Entrez e a API do Genomes OnLine Database (GOLD). Além disso, a ferramenta terá como saída uma representação gráfica que permitirá ao usuário visualizar a distribuição geográfica e ambiental dos MAGs e genomas ortólogos ao MAG de entrada.