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Classificação e anotação de Metagenome-Assembled Genomes

Processo: 25/03197-7
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Data de Início da vigência: 01 de abril de 2025
Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2025
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Pesquisador responsável:João Carlos Setubal
Beneficiário:Izabel de Geus Monteiro Gomes
Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:21/10577-0 - Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3), AP.CEPID
Assunto(s):Biologia computacional   Metagenômica   Microbiota
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformática | MAGs | metagenômica | Microbioma | Metagenômica e Bioinformática Microbiana

Resumo

Este trabalho visa o desenvolvimento de uma ferramenta para classificar e anotar Metagenome-Assembled Genomes (MAGs) de microrganismos procariontes. Os avanços nas técnicas de sequenciamento de DNA têm permitido novos insights sobre a diversidade microbiana, incluindo a descoberta de MAGs sem classificação taxonômica. Neste contexto, os MAGs podem ser classificados em três categorias principais: SMAGs (MAGs classificados taxonomicamente até o nível de espécie), HMAGs (MAGs hipotéticos) e CHMAGs (MAGs hipotéticos conservados). Não existe uma ferramenta que classifique automaticamente um dado MAG em SMAG, CHMAG, ou HMAG. O objetivo da ferramenta proposta é fazer esta classificação, assim como fornecer ao usuário diversas informações derivadas dos genomas e MAGs ortólogos ao MAG de entrada que permitam uma melhor compreensão da distribuição ecológica e geográfica do MAG de entrada e de seus ortólogos. A ferramenta proposta integrará componentes como o GTDB-Tk, a base de dados Entrez e a API do Genomes OnLine Database (GOLD). Além disso, a ferramenta terá como saída uma representação gráfica que permitirá ao usuário visualizar a distribuição geográfica e ambiental dos MAGs e genomas ortólogos ao MAG de entrada.

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