Análise de adaptações de co-evolução em bacteriófagos que infectam cepas de Pseudomonas aeruginosa e Klebsiella pneumoniae

• Processo: 25/02846-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: João Carlos Setubal
• Beneficiário: Guillermo Uceda Campos
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 21/10577-0 - Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3), AP.CEPID
• Assunto(s): Bacteriófagos Biologia computacional Evolução Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bacteriófagos | bioinformática | Evolução | Genômica | genômica e evolução

Resumo

Bacteriófagos ou fagos são uma alternativa importante para combater bactérias patogênicas resistentes a antibióticos. Graças a seu poder de matar bactérias e sua especificidade dehospedeiro. Entretanto, esta mesma especificidade exige adescoberta ou modificação para que um determinado fago seja capazde atacar uma espécie ou mesmo uma cepa específica de umabactéria. Uma estratégia para obter fagos com a capacidade de infectar hospedeirosespecíficos são experimentos de co-evolução, nos quaisdeterminados fagos são expostos a bactérias resistentes esuscetíveis. Neste estudo pretendemos expandir o leque dehospedeiros suscetíveis por meio de tais experimentos, e ao mesmotempo descobrir as mudanças gênicas associadas com essaexpansão. Os experimentos serão conduzidos com Pseudomonasaeruginosa e Klebsiella pneumoniae. Amostras de populações defagos em diferentes estágios do processo serão obtidas, e seu DNAserá sequenciado, para identificação de mutações pontuais(SNPs) e mutações de maior escala (structural variations ou SVs).Faremos análises filogenéticas para compreender a trajetória evolutivaque leva a essas mutações, desta forma gerando novo conhecimento sobre o processo de adaptação de fagos a novos hospedeiros.