Mediana de matrizes genômicas

• Processo: 25/05185-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
• Pesquisador responsável: João Meidanis
• Beneficiário: Victor de Moraes
• Instituição Sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: matrizes binárias | matrizes ortogonais | matrizes simétricas | Rearranjos genômicos | Biologia computational

Resumo

Na comparação de genomas, uma noção fundamental é a da distância entre os genomas. Muitas propostas foram apresentadas nas últimas décadas, incluindo DCJ, SCJ, distância de ponto de quebra (breakpoint distance), distância de posto e distância natural. O genoma mediano entre três genomas A, B e C é o genoma M que minimiza a soma das distâncias d(A,M), d(B,M) e d(C,M). Foram propostos algoritmos de tempo polinomial de cálculo de medianas com relação à distância de posto, mas estes algoritmos nem sempre retornam um genoma. Neste projeto, focaremos na distância de posto, examinando os algoritmos rápidos existentes para medianas neste paradigma e buscando maneiras de tentar corrigir as respostas para que sejam genômicas, sem prejuízo (ou com pouco prejuízo) à sua condição de medianas.