Estabelecimento de pipelines de bioinformática e análises de dados genômicos para o estudo de pequenos mamíferos Neotropicais

• Processo: 25/09863-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Alexandre Reis Percequillo
• Beneficiário: Fernanda de Jesus Trindade
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 20/11444-0 - Diversidade de roedores neotropicais (Rodentia: Sciuridae, Cricetidae, Echimyidae): origem, evolução e biogeografia, AP.TEM
• Assunto(s): Conservação Evolução Filogenia Genômica Genômica populacional Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Conservação | Evolução | Filogenômica | Genômica | genômica populacional | Bioinformática

Resumo

As amostras a serem coletadas no escopo do projeto Temático "Diversidade de Roedores Neotropicais (Rodentia: Sciuridae, Cricetidae, Echimyidae): Origem, Evolução e Biogeografia" serão estudadas em abordagens genômicas empregando especialmente ddRADSeq para abordagens filogeográficas e UCE's para as abordagens filogenéticas. Independentemente do método, os dados gerados são volumosos e as atividades de organização, armazenamento e adequação destes dados, mesmo antes das análises, requerem um trabalho intenso e minucioso de bioinformática, envolvendo ainda métodos e conceitos de TI. Também é essencial que dados disponíveis em repositórios abertos (como p.ex., Genebank) possam ser utilizados em análises conjuntas com os dados genômicos que produziremos. Além disso, é muito importante que o conhecimento dessas práticas seja compartilhado com os discentes do projeto. Nesse sentido, o bolsista TT-V conduzirá estas análises para o laboratório e auxiliará os bolsistas de IC e PG no desenvolvimento de seus projetos, além de gerenciar toda a informação genética que será produzida ao longo dos 5 anos de projeto.