Simulação computacional e modelagem de macromoléculas biológicas para estudos de seus processos de enovelamento

• Processo: 09/11269-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2009
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2010
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Marco Antonio Alves da Silva
• Beneficiário: Guilherme Thomaz Pereira Brancini
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Simulação de dinâmica molecular Método de Monte Carlo
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dinâmica Molecular | Folding de Proteínas | Simulação Monte Carlo | Modelagem e Simulação Computacional

Resumo

Nas últimas décadas a utilização de simulações computacionais no estudo de sistemas biológicos vem ganhando posição de destaque na comunidade científica. A possibilidade de se obter uma descrição acurada e em nível atômico/molecular dos fenômenos físico-químicos envolvidos torna essa ferramenta altamente profícua. Além disso, o desenvolvimento vertiginoso do poder computacional permite que cada vez mais se estude sistemas maiores e com mais riqueza de detalhes. Dentre as inúmeras possibilidades de aplicação, o estudo do processo de enovelamento ("folding") de proteínas por meio de simulações computacionais é um dos grandes desafios da ciência atual, sendo a principal linha de pesquisa de importantes cientistas em todo o planeta. O presente projeto tem como finalidade iniciar o aluno na área de pesquisa mencionada, a partir do contato com diferentes técnicas de simulação computacional, como Dinâmica Molecular (DM) e Monte Carlo (MC), aplicadas ao problema de enovelamento de proteínas globulares, bem como com o aprendizado de técnicas de programação computacional, as quais são úteis na modelagem dos sistemas estudados e na análise dos resultados obtidos. O ponto de partida para os estudos será o enovelamento da Vilina (1VII), uma proteína pequena (36 aminoácidos) e muito estudada.