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Análises estruturais, funcionais e evolutivas de helitrons em cana-de-açúcar

Processo: 09/51632-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2009
Vigência (Término): 31 de janeiro de 2012
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
Pesquisador responsável:Marie-Anne van Sluys
Beneficiário:Nathalia de Setta Costa
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:08/52074-0 - Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function, AP.BIOEN.TEM
Assunto(s):Cana-de-açúcar   Saccharum   Elementos de DNA transponíveis   Genômica

Resumo

A cana-de-açúcar é uma cultura de extrema importância no cenário econômico brasileiro, devido à produção do bioetanol e do açúcar. Dessa forma, o estudo da genética dessa planta tem se tornado atrativo, pois visa contribuir no esclarecimento dos mecanismos que geram variabilidade genética. Estes estudos podem permitir a seleção de genótipos que resultem em aumento da produtividade e melhoramento de características agronomicamente importantes. Dos fatores que geram variabilidade em plantas, pode-se destacar os elementos de transposição, que geram rearranjos, duplicações e variabilidade na produção de proteínas. Neste contexto, este projeto de pesquisa integra um Projeto Temático, e tem como objetivo central o estudo de um grupo específico de elementos que ainda não foram estudados em cana, os helitrons, já relacionados à geração de variabilidade em outras gramíneas, como o arroz e o milho. As análises consistirão da caracterização de helitrons e de regiões genômicas que os contenham, da produção de seus perfis de expressão em diferentes variedades de cana, com fenótipos de interesse no melhoramento e, da sua identificação em espécies relacionadas, por meio de uma abordagem evolutiva. Assim, espera-se que os resultados produzidos contribuam com o entendimento do papel dos helitrons na dinâmica do genoma da cana-de-açúcar, como também forneçam ferramentas de estudo e experimentação de cultivares. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE SETTA, NATHALIA; MONTEIRO-VITORELLO, CLAUDIA BARROS; METCALFE, CUSHLA JANE; QUEIROGA CRUZ, GUILHERME MARCELO; DEL BEM, LUIZ EDUARDO; VICENTINI, RENATO; SILVEIRA NOGUEIRA, FABIO TEBALDI; CAMPOS, ROBERTA ALVARES; NUNES, SIDENY LIMA; GASPERAZZO TURRINI, PAULA CRISTINA; VIEIRA, ANDREIA PRATA; OCHOA CRUZ, EDGAR ANDRES; SILVEIRA CORREA, TATIANA CAROLINE; HOTTA, CARLOS TAKESHI; VARANI, ALESSANDRO DE MELLO; VAUTRIN, SONIA; DA TRINDADE, ADILSON SILVA; VILELA, MARIANE DE MENDONCA; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; SATO, PALOMA MIEKO; DE ANDRADE, RODRIGO FANDINO; NISHIYAMA, JR., MILTON YUTAKA; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO BENICIO; SCORTECCI, KATIA CASTANHO; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO; CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO; KIM, CHANGSOO; PATERSON, ANDREW H.; BERGES, HELENE; D'HONT, ANGELIQUE; DE SOUZA, ANETE PEREIRA; SOUZA, GLAUCIA MENDES; VINCENTZ, MICHEL; KITAJIMA, JOAO PAULO; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Building the sugarcane genome for biotechnology and identifying evolutionary trends. BMC Genomics, v. 15, JUN 30 2014. Citações Web of Science: 55.
CRUZ, GUILHERME M. Q.; METCALFE, CUSHLA J.; DE SETTA, NATHALIA; CRUZ, EDGAR A. O.; VIEIRA, ANDREIA PRATA; MEDINA, ROSARIO; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Virus-Like Attachment Sites and Plastic CpG Islands: Landmarks of Diversity in Plant Del Retrotransposons. PLoS One, v. 9, n. 5 MAY 21 2014. Citações Web of Science: 2.

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