Estudo estrutural gênico de BACs de cana-de-açúcar pelo método de pirosequenciamento

Resumo

O sequenciamento do transcriptoma da cana-de-açúcar, através do Projeto SUCEST gerou por volta de 43 mil genes e proporcionou um aprofundamento e aprimoramento nos estudos bioquímicos, moleculares e computacionais de uma das plantas mais importantes economicamente no mundo, a cana-de-açúcar. A identificação de genes alvo, bem como localização de suas respectivas regiões promotores, nos permite estudos da função de cada proteína, como por exemplo, quinases e fosfatases (PKs e PPases), para geração de plantas transgênicas, resistentes a seca ou com alto teor de fibras. Para isso é importante a obtenção das sequências gênicas completas e promotores. O objetivo deste projeto é o pirosequenciamento de 30 BACs de cana, identificação e anotação estrutural gênica dos dados gerados. Como justificativa, o projeto SUCEST-FUN, proporcionou o desenvolvimento de ferramentas para estudos e análises dos dados de microarray, aplicação de métodos estatísticos e relacionamento com informações de genes envolvidos com vias de transdução de sinal e metabolismo de cana-de-açúcar. Visando buscar uma coleção de ferramentas biotecnológicas para o descobrimento de regiões ricas em genes no genoma de cana e um aumento da eficiência de sequenciamento, para o desenvolvimento desse projeto, optamos pela seleção de 30 BACs contendo genes de interesse que serão sequenciados do cultivar R570 de cana-de-açúcar. O sequenciamento desses BACs será feito com a tecnologia 454 Pyrosequencing High-throughput (Roche), no equipamento do Laboratório do Centro Avançado de Tecnologias em Genômica (CATG), no Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da Universidade de São Paulo (IQ-USP). (AU)