Estudo por mecanica estatistica de interacoes fundamentais na formacao de complexos moleculares. contribuicoes das forcas de longo alcance e flexibilidade nos complexos tripsina-bpti, trombina-hirudina e ach..

• Processo: 06/55573-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2006
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2007
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Fernando Luis Barroso da Silva
• Beneficiário: Lariani Aparecida Delboni
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 01/03363-0 - Interações eletrostáticas em biomoléculas: aspectos metodológicos, aplicações e implicações no genoma estrutural, AP.JP
• Assunto(s): Modelagem molecular Trombina Interações eletrostáticas Moléculas bioativas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biomoleculas | Interacao Ligante-Proteina | Interacoes Eletrostaticas | Modelagem Molecular | Poisson-Boltzmann | Trombina

Resumo

Neste projeto, nossa ênfase é no entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares. Propomos a obtenção de derivadas da energia livre, através de simulações Monte Cario, para complexos moleculares. Complexos anteriormente estudados (trombina-hirudina e tripsina-bpti) serão revistos, incorporando-se agora efeitos de flexibilidade molecular, visando uma melhor caracterização dos mecanismos moleculares. Testes com diferentes estruturas cristalográficas disponíveis e uma análise completa dos pKa farão parte de nosso trabalho. Nossa abordagem seguirá a do dielétrico contínuo (nível de modelagem de McMillan-Mayer), em conjunto com o "modelo da célula". Cálculos auxiliares baseados em soluções numéricas da Equação de Poisson-Boltzmann serão efetuados, permitindo-se assim também verificar questões metodológicas e oferecer à estudante maiores ferramentas de trabalho nesta área, completando as atividades desenvolvidas pela mesma em projeto anterior. (AU)