| Processo: | 08/58734-1 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado |
| Data de Início da vigência: | 01 de maio de 2009 |
| Data de Término da vigência: | 23 de março de 2010 |
| Área de conhecimento: | Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular |
| Pesquisador responsável: | Richard Charles Garratt |
| Beneficiário: | Lucas Bleicher |
| Instituição Sede: | Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil |
| Vinculado ao auxílio: | 98/14138-2 - Center for Structural Molecular Biotechnology, AP.CEPID |
| Assunto(s): | Septinas Biologia computacional Cristalografia |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Acoplamento Estatistico | Bioinformatica | Cristalografia | Septinas | Superoxido Dismutases |
Resumo A crescente velocidade com que seqüências de genes são determinadas por projetos de genoma leva a necessidade de métodos capazes de extrair informações úteis desta massa de dados. A análise de acoplamento estatístico, desenvolvida pelo grupo de R. Ranganathan, parte da representação de uma família de proteínas na forma de um alinhamento múltiplo de seqüências e quantifica a conservação posicional (discrepância entre a distribuição de aminoácidos em uma dada posição da proteína e aquela encontrada na natureza) e o acoplamento estatístico entre posições (alteração da distribuição de aminoácidos numa posição devido a uma imposição em outra). Propôs-se que o subconjunto de posições na proteína que estão correlacionadas em distribuição de aminoácidos seria o núcleo alostérico da família, e reportaria o acoplamento energético (em termos de interações físicas) entre as posições, visão recentemente refutada por dados experimentais. Uma nova interpretação dos dados obtidos por essa técnica foi introduzida pelos proponentes deste projeto, mostrando que os resíduos que apresentam tais correlações podem identificar subgrupos numa mesma família de proteína que apresentam uma dada característica específica, tomando a técnica uma poderosa ferramenta para anotação genômica e possibilitando a extração de uma quantidade consideravelmente maior de informações. Propomos a formalização metodológica desta nova abordagem, a implementação de um software livre para uso acadêmico que possibilite gerar e extrair dados desta versão estendida da técnica e aplicá-la ao estudo de proteínas de interesse do grupo de pesquisa. (AU) | |
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