Uma nova metodologia computacional para o desenho racional de peptídeos inibidores específicos para a proteína cinase C delta

• Processo: 08/52694-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2009
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2010
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
• Pesquisador responsável: Paulo Sergio Lopes de Oliveira
• Beneficiário: Tiago José Paschoal Sobreira
• Instituição Sede: Instituto do Coração Professor Euryclides de Jesus Zerbini (INCOR). Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP (HCFMUSP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Modelagem molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioinformatica | Fosfoproteomica | Modelagem Molecular

Resumo

As proteínas cinase possuem um papel importante na sinalização celular coordenando vários processos celulares, incluindo: metabolismo, crescimento, divisão, diferenciação, mobilidade, transporte através de membranas, contração, e apoptose. Alterações nas proteínas-cinase acarretam um grande número de doenças como inflamações, doenças auto-imune, cânceres e patologias cardíacas. As proteínas cinase são alvos atrativos para o desenvolvimento de novos fármacos, inclusive, estima-se que 25% dos esforços da indústria farmacêutica são concentrados no desenvolvimento de inibidores para as cinases. Porém, há dificuldades em encontrar moduladores específicos para as diferentes cinases visto que são muito semelhantes. A utilização de pequenas moléculas como fármacos muitas vezes não apresentam especificidade suficiente para atuar em uma única cinase, causando efeitos colaterais indesejados. A busca e utilização de peptídeos para estudos de cinase já é realizada há muito tempo, mas poucos inibidores específicos a uma única cinase foram encontrados. No presente projeto é proposto o desenvolvimento de um método computacional para seleção de peptídeos candidatos a inibidores específicos de determinadas cinases. Utilizaremos informações da literatura e de estruturas cristalográficas de proteínas cinases, criaremos complexos proteína-peptídeo por meio de modelagem molecular. Estes complexos são submetidos a métodos de mecânica molecular e cálculos de energia de ligação utilizando o método de Poisson-Boltzmann. Após estas etapas selecionaremos peptídeos com maior especificidade para uma cinase especifica. Esse estudo terá uma abordagem multidisciplinar sendo desenvolvido no Instituto do Coração - INCOR - USP, com a colaboração de Dra. Deborah Schechtman, onde será possível validar experimentalmente o método desenvolvido utilizado proteínas cinase relacionadas a patologias cardíacas. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MEDEIROS, ALESSANDRA; BIAGI, DIOGO G.; SOBREIRA, TIAGO J. P.; DE OLIVEIRA, PAULO SERGIO L.; NEGRAO, CARLOS EDUARDO; MANSUR, ALFREDO J.; KRIEGER, JOSE EDUARDO; BRUM, PATRICIA C.; PEREIRA, ALEXANDRE C.. Mutations in the human phospholamban gene in patients with heart failure. AMERICAN HEART JOURNAL, v. 162, n. 6, p. 1088-U184, DEC 2011. (06/61046-4, 05/59740-7, 08/52694-8)