Proteinas anti-congelante: um estudo por dinamica molecular classica.

• Processo: 04/15739-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2005
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2007
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Física - Física Atômica e Molecular
• Pesquisador responsável: Douglas Soares Galvão
• Beneficiário: Eric Perim Martins
• Instituição Sede: Instituto de Física Gleb Wataghin (IFGW). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Simulação de dinâmica molecular Fármacos Proteínas Simulação por computador
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dinamica Molecular | Farmacos | Proteinas | Simulacao Computacional

Resumo

Para sobreviver em ambientes de temperaturas sub-zero, organismos vivos têm que se proteger do crescimento de gelo em suas células, que é fatal. Alguns desses organismos produzem proteínas anti-congelantes (PACs) que abaixam o ponto de congelamento dos fluidos no organismo. Embora progressos significantes recentes tenham sido obtidos para diferentes famílias dessas proteínas, o mecanismo molecular de sua ação ainda é controverso. Os detalhes dos mecanismos da ação anti-congelante não podem ser ainda compreendidos a partir de experimentos ou estudos computacionais. Neste projeto estamos propondo estudar algumas dessas proteínas utilizando técnicas de dinâmica molecular clássica. Pretendemos investigar a interação explícita da água com a proteína, em função da temperatura e da concentração água/proteínas. Nós pretendemos estudar a interação água-proteína de forma explícita, utilizando o código de dinâmica molecular NAMD (NAMD, 2004). O NAMD é um código paralelo para dinâmica molecular de sistemas biomoleculares grandes. Ele permite utilizar vários campos de força, entre os quais AMBER e o CHARMM, que estão entre os mais utilizados para sistemas biológicos (Schlick, 2000). Pretendemos investigar algumas proteínas, variando a relação de concentração proteína/água tentando investigar se a partir desse estudo é possível entender melhor a origem do mecanismo de supressão da formação do gelo. (AU)