Caracterização de proteínas hipotéticas conservadas de Xanthomonas axonopodis pv. citri por Tandem Affinity Purification (TAP): padronização da técnica para uso em bactérias

• Processo: 06/02631-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2006
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2007
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Henrique Ferreira
• Beneficiário: Tassia Liberato Oehlmeyer
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Rio Claro. Rio Claro , SP, Brasil
• Assunto(s): Xanthomonas axonopodis Técnicas do sistema de duplo-híbrido
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioquimica De Proteinas | Bioquimica

Resumo

A bactéria fitopatogênica Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) é responsável por grandes prejuízos para a citricultura brasileira causando a doença conhecida como cancro cítrico (um comércio que movimenta algo em torno de 1.2 a 1.4 bilhões de dólares/ano). O cancro cítrico acomete todas as variedades e espécies de citros, não há controle eficaz para esta doença e a eliminação das plantas contaminadas e prevenção contra infecção constituem as únicas armas de defesa do citricultor. Dada a sua importância econômica, Xac (306) teve seu genoma completamente sequenciado, onde num total de 4.313 ORFs anotadas, ~1200 foram classificadas como hipotéticas conservadas (~30%), ou seja, ORFs que não possuem função definida. Estudos funcionais clássicos, com a aplicação de métodos genéticos e bioquímicos, seriam de escolha certa para se buscar a determinação de função para produtos desconhecidos, com uma limitação: são métodos laboriosos e que requerem muitas vezes períodos relativamente longos de análises para fatores/sistemas individuais. Desta forma, pesquisadores da era pós-genômica têm procurado desenvolver e aplicar metodologias que permitam o processamento de centenas de alvos de uma só vez e com tempo reduzido. Dentre estas técnicas, os experimentos de duplo-híbrido e isolamento de complexos protéicos in vivo e in vitro têm mostrado bastante eficácia na determinação de função de produtos hipotéticos através da identificação de proteínas interagindo com os últimos, e que possuem atividades já conhecidas. O presente projeto tem, pois, por finalidade adaptar a técnica de "Tandem Affinity Purification" (TAP), que foi recentemente utilizada no isolamento in vivo de complexos protéicos em eucariotos, para a caracterização em larga escala de fatores hipotéticos em bactérias/Xac. TAP-TAG será utilizada pela primeira vez em bactérias/Xac como alternativa aos experimentos de duplo-híbrido e consistirá na montagem de vetores de expressão específicos para a aplicação da metodologia em Xac e testes funcionais do sistema com proteínas já caracterizadas e que reconhecidamente interagem com fatores diversos na célula. O método TAP-TAG será posteriormente aplicado em Xac para a determinação de função de produtos hipotéticos in situ. (AU)