Analise proteomica da Xylela fastidiosa e desenvolvimento de novo metodo para analise quantitativa de proteomas por espectrometria de massa

Autor(es)

Marcus Bustamante Smolka

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia
• Data de defesa: 2002-05-12

Membros da banca

Jose Camillo Novello; Eliana Gertrudes Macedo Lemos; Marcos Antonio Machado; Marcos Nogueira Eberlin; Yoko Bomura Rosato

• Orientador: Jose Camillo Novello

Resumo

A bactéria Xy/ella fastidiosa é responsável por várias doenças de plantas economicamente importantes, incluindo a clorose variegada do citros (CVC). Apesar de seu genoma já estar completamente sequenciado, os estudos das proteínas expressas pela bactéria são quase inexistentes. Na presente tese, foi utilizada a eletroforese de duas dimensões em combinação com a espectrometria de massas para identificar os produtos de 142 diferentes genes da X. fastidiosa, incluindo proteínas secretadas e as relacionadas com adesão, que apresentam particular interesse para o estudo da patogenicidade. Análise comparativa do perfil protéico da bactéria crescida como colônias isoladas em meio sólido de cultura com o da bactéria formando biofilme em meio líquido de cultura indicou a expressão específica de uma cisteíno protease, uma lipase e uma isoforma da subunidade da fímbria do tipo IV na condição de formação de biofilme. Análise do índice de uso de códons específicos ("codon bias") das proteínas mais expressas no extrato celular total revelou uma distribuição de valores inesperadamente baixa, o que é proposto como sendo possível causa da natureza fastidiosa da X. fastidiosa. Um banco de dados disponibilizando as informações geradas foi construído e pode ser acessado pela intemet: URL: www.proteome.ibLunicamp.br. Os resultados representam um esforço inicial para a caracterização da expressão de proteínas na X. fastidiosa e devem ajudar a promover um maior entendimento dos mecanismos de sobrevivência, adesão e secreção, bem como viabilizar subsequentes estudos de análise diferencial do proteoma da X. fastidiosa em diversos modelos experimentais. Na segunda parte da tese é mostrado um novo método para análise quantitativa de proteomas por espectrometria de massas. A estratégia proposta se baseia em marcar duas amostras a serem comparadas com diferentes formas isotópicas do reagente ICA T ("Isotope Coded Afinity Tags"), comigrá-Ias num único gel 2DE e identificar e quantificar as proteínas por espectrometria de massas. Os resultados mostram que proteínas rotuladas com as formas isotopicamente pesada e normal do reagente ICA T comigram na mesma posição em géis 2DE. Quando as proteínas são subsequentemente digeridas e analisadas por espectrometria de massas, a razão da abundância relativa das proteínas em cada amostra pode ser determinada precisamente, baseando-se nas intensidades relativas do sinal espectro métrico dos peptídios contendo as diferenças isotópicas. Utilizando esta estratégia, foi possível realizar quantificações com precisão melhor que 20 % (AU)

• Processo FAPESP: 98/14527-9 - Proteoma da Xylella fastidiosa: da eletroforese bidimensional à integração genoma/proteoma
• Beneficiário: Marcus Bustamante Smolka
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado