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Reconstrução e classificação de estruturas espaciais via otimização contínua: ênfase em proteínas

Texto completo
Autor(es):
Rodrigo Silva Lima
Número total de Autores: 1
Tipo de documento: Tese de Doutorado
Imprenta: Campinas, SP.
Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica
Data de defesa:
Membros da banca:
José Mario Martínez Pérez; Carlile Campos Lavor; Sandra Augusta Santos; Nelson Maculan Filho; Juliano de Bem Francisco
Orientador: José Mario Martínez Pérez; Margarida Pinheiro Mello
Resumo

Neste trabalho estudamos inicialmente o problema da reconstrução 3D de uma proteína dadas as distâncias entre pares de átomos de sua estrutura. Formulamos a situação como um problema de otimização não linear com função objetivo contínua no domínio de variáveis e mostramos através de experimentos computacionais que a estrutura original da proteína é recuperada mesmo quando admitimos conhecidas apenas um subconjunto de distâncias intra- átomos. Em seguida, estudamos problema da representação de um conjunto de proteínas comparadas em relação as suas estruturas tridimensionais. Propomos algumas formulações para este problema onde as proteínas são representadas por objetos em espaços euclidianos e elaboramos também um procedimento para classificar proteínas novas sem a necessidade de realizar exaustivas comparações estruturais envolvendo as proteínas analisadas (AU)

Processo FAPESP: 06/04053-8 - Alguns problemas em otimização global de movimentos
Beneficiário:Rodrigo Silva Lima
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado