Varreduras genômicas para a detecção de variantes genéticas associadas à reprodução de cães

Autor(es)

Rafaela Beatriz Pintor Torrecilha

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Jaboticabal. 2018-12-05.
• Instituição: Universidade Estadual Paulista (Unesp). Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias. Jaboticabal
• Data de defesa: 2018-10-25
• Orientador: José Fernando Garcia

Resumo

Variante funcional (functional variant - FV) é um polimorfismo da sequência de DNA que possui efeitos sobre a função ou mesmo sobre o nível de expressão de um ou mais genes. Por apresentarem alta probabilidade de interferência em fenótipos celulares, teciduais ou mesmo sistêmicos, as FVs são alvos frequentes de pressão de seleção negativa ou positiva em uma população. Algumas FVs podem, inclusive, causar perda parcial ou total da função gênica, caso no qual estas recebem a denominação de loss-of-function variant (LoFV). Os cães domésticos (Canis lupus familiaris) possuem baixa variabilidade genética decorrente da intensa seleção artificial feita pelo homem para fenótipos extremos de características morfológicas e comportamentais. Os altos níveis de endogamia nas populações caninas favorecem a intensificação da ação da deriva genética e, por consequência, o aumento da prevalência de FVs e LoFVs que seriam mantidas em baixa frequência se estas populações apresentassem maior variabilidade genética. Assim, o cão doméstico é um modelo valioso para estudos de processos fisiológicos e de doenças genéticas humanas. O recente surgimento de ferramentas para análise genômica têm auxiliado na identificação de FVs e LoFVs de interesse zootécnico e biomédico em cães. Estas variantes podem ser mapeadas através de duas estratégias distintas, porém complementares, de varredura genômica. A primeira, denominada de estudo de associação genômica ampla (Genome-Wide Association Study - GWAS), consiste no teste de associações entre genótipos e fenótipos. A segunda consiste na busca por combinações alélicas, chamadas de haplótipos, que ocorram em alta frequência, porém que apresentem deficiência de homozigose. No presente trabalho, utilizamos ambas as estratégias no mapeamento de FVs e LoFVs de alto impacto funcional associadas à reprodução de cães. No primeiro estudo, um GWAS para tamanho de ninhada foi conduzido em Cães Boiadeiros de Entlebuch, o qual revelou uma FV no gene do fator de crescimento e diferenciação 9 (growth/differentiation factor 9 – GDF9). No segundo estudo, reportamos haplótipos de alta frequência com deficiência de homozigotos nas raças Cão da Crista Chinesa, Cão Boiadeiro de Entlebuch, Labrador Retriever e Golden Retriever. Ambas as abordagens permitiram a identificação de variantes que podem estar associadas a prejuízos reprodutivos. (AU)

• Processo FAPESP: 17/08373-1 - Detecção de alelos deletérios através de ausência de homozigose haplotípica em cães
• Beneficiário: Rafaela Beatriz Pintor Torrecilha
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado